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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 关于结构优化中的对称性问题
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vigaryang

木虫 (正式写手)

[求助] 关于结构优化中的对称性问题

如果要优化一个像NH3这种明确知道对称性的分子，是不是在优化时需要事先指定优化过程中对称性不变？如果是的话，是通过symmetry(pg=?)实现呢，还是在分子内坐标输入部分设置变量实现？网上查了一下，发现很难见到与symmetry(pg=?)这个命令有关的信息，不知是为什么。难道对于这种分子也不需要指定对称性吗，而任由其自由优化吗。谢谢。
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1楼2011-05-23 04:42:32
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zhficcas

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
gmy1990(金币+1): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-05-23 08:43:08
vigaryang(金币+2): 2011-05-23 21:48:17
通过内坐标来控制变量, 这个NH3可能还要引入虚原子来精确定义二面角.
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2楼2011-05-23 06:20:29
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhficcas at 2011-05-23 06:20:29:
通过内坐标来控制变量, 这个NH3可能还要引入虚原子来精确定义二面角.

为什么不用symmetry(pg=?)呢？
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3楼2011-05-23 06:47:46
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小白如水

铁杆木虫 (小有名气)
关于对称性方面也是我迷惑的 关注一下。
为了消除虚频有种尝试是忽略对称性（nosymm）这是不是以降低计算精度为代价呢？
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4楼2011-05-23 09:59:46
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-05-23 12:26:39
vigaryang(金币+5): 2011-05-23 21:48:42
vigaryang(金币+3): 非常感谢 2011-05-25 14:49:08
Gaussian在优化的过程中，默认保持对称性不变。
也就是说，你的输入结构在gaussian读入之后，会首先做一个对称性判断，如果它判定为C3v了，那么，优化过程中，他就一直按照C3v来优化，如果按C3v优化不出来，他就按出错退出——一直到g03都是如此。。。但是最近发现g09似乎有所改变了，他会尝试改变对称性的，这一点我还没弄清楚他的机制。
不一定是按照内坐标输入，即便你按照笛卡尔坐标输入也是可以的，当然，这个时候gaussian在判断对称性的时候，是会因为你的笛卡尔坐标的精度不够而容易产生误判的，就好象gview在判断对称性的时候，也会有Default,tight,very tight, loose,very loose等选项一样，gaussian在判读对称性的时候也有tight.loose等标准，你可以自己指定，当然，它的标准与gview的标准是不同的。你的分子在gaussian读入后，开始跑202的时候就会给出它的判断结果——不过我猜测在跑103的时候就应该已经算出来了。如果你对gaussian的判读没有把握，或者对你输入的笛卡尔坐标的精度没有把握，那么在此时kill掉gaussian，看看输出文件就知道它怎么判定的了。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2011-05-23 12:12:42
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-05-23 12:12:42:
Gaussian在优化的过程中，默认保持对称性不变。
也就是说，你的输入结构在gaussian读入之后，会首先做一个对称性判断，如果它判定为C3v了，那么，优化过程中，他就一直按照C3v来优化，如果按C3v优化不出来，他就 ...

学习了。我试了下添加symmetry(pg=?)，发现对称性在计算前后反而比不添加时发生了更大的变化，诧异。

还有，如果一开始被gaussian判定为C3V的话，是不是对于优化过程中的每一步构型，其对称都是C3V？在我的某一个计算中，初始构型和结束构型都是Oh对称（在gaussview中搭建初始分子时通过point group菜单控制了对称性），但我在.log文件中搜索point group关键词时，发现中间这些构型的point group都是C1。不知这正常不。问题有点多，麻烦您了。
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6楼2011-05-25 11:25:59
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
引用回帖:
在我的某一个计算中，初始构型和结束构型都是Oh对称（在gaussview中搭建初始分子时通过point group菜单控制了对称性），但我在.log文件中搜索point group关键词时，发现中间这些构型的point group都是C1。不知这正常不。

如果你在log文件中搜索point group，看到gaussian判定为C1，那么它就按C1优化，也就是没有对称性。原因有二：
1、gaussian对于对称性的判定是比较笨的，尤其Oh它经常是判定不出来的，这个应该是个bug，不知道g09改善了没有；
2、就是判定标准的问题，如果不用内坐标的形式，那么即便gview给出正确的对称性，但gaussian的标准与gview不同，也可能给出不同的结果。通常是由于笛卡尔坐标的精度有限导致的。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
7楼2011-05-25 14:32:38
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sangym

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

在优化之前应该先调好对称性，调到能达到最高的对称性，这样优化起来会节省时间，而且出来的结果也更合理，呵呵！！！！！
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8楼2011-05-25 14:48:56
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sangym at 2011-05-25 14:48:56:
在优化之前应该先调好对称性，调到能达到最高的对称性，这样优化起来会节省时间，而且出来的结果也更合理，呵呵！！！！！

那为什么很多时候在计算中会在命令行中特意加入nosymmetry呢？
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9楼2011-05-25 15:38:22
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sangym

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by vigaryang at 2011-05-25 15:38:22:
那为什么很多时候在计算中会在命令行中特意加入nosymmetry呢？

是这样的，我的理解不管你的构型有没有对称性，你如果不加对称性的话，程序会自己找对称性，如果你的体系没有对称性你直接加nonsymmetry，程序就不用自己找，直接会默认没有对称性，这样节省时间！！！！这是我理解，如果有更好更详细的答案欢迎交流，呵呵！！祝好运
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10楼2011-05-25 19:07:54
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