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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » MVD docking后的小分子和蛋白的complex为啥在pymol里不能完全显示？
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] MVD docking后的小分子和蛋白的complex为啥在pymol里不能完全显示？

求助：用MVD docking后的ligand和蛋白的complex，另存为mol2文件后，用pymol怎么不能在同一窗口里打开ligand和蛋白的结合的complex结构呢？而且此时如要显示sequence的话，没有那种直接从PDB download的很长的氨基酸序列了。。。为什么呢？该怎么设置才能出现那种经典的小分子和蛋白结合的complex？？谢谢。


[ Last edited by ghcacj on 2011-5-2 at 14:20 ]
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
1楼2011-04-29 02:56:24
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
pkuchemistry(金币+5): 2011-04-29 18:36:27
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-02 14:17:47
我也遇到了不能同时显示的问题，尽管不是用MVD做的，后来用ligplus可以显示啦

可以存成pdb格式试下

good luck
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2楼2011-04-29 15:30:53
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-29 15:30:53:
我也遇到了不能同时显示的问题，尽管不是用MVD做的，后来用ligplus可以显示啦

可以存成pdb格式试下

good luck

楼上，你的解释不够详细
1）什么是ligplus？是做什么用的？
2）我应该存成过PDB格式，但是故障照旧。
3）一般你用什么软件做docking？

请有空的时候回复一下好吗？也可以qq交流。多谢。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
3楼2011-04-29 18:43:26
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
天天提示我要给别人金币，又没几个回复的，系统你这是干嘛啊？？？！！！！
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
4楼2011-05-01 15:31:57
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
御剑江湖: 解决了么？可以向大家说出解答方法 2011-05-05 21:23:08
请版主删帖子，并还我剩下的金币！谢谢！
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
5楼2011-05-05 18:20:40
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by pkuchemistry at 2011-05-05 18:20:40:
请版主删帖子，并还我剩下的金币！谢谢！

没解决。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
6楼2011-05-06 13:36:32
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
请版主删帖并退我金币！
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
7楼2011-06-21 19:07:16
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
8楼2011-09-05 19:13:52
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pkuchemistry

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引用回帖:
8楼: Originally posted by chemozhang at 2011-09-05 19:13:52:
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》

精彩个毛啊！还收录了。。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
9楼2011-09-05 21:19:46
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chemozhang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-09-21 21:36:59
精彩这是系统加的话，我收录的是问题锦集。有你这样说话的吗？
既然这样，我来解决吧，也不妄系统给的 “帖子真精彩”
用MVD docking后的ligand和蛋白的complex，另存为mol2文件后，里面是两个分子。
一个分子mol2文件末尾有个结束标记 ---- ENDMDL.
你把复合物mol2文件用记事本打开，把第一个分子末尾的ENDMDL一行去掉，保存。
这样pyMOL就认为是一个分子，能同时显示蛋白和小分子。
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故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 21:39:11
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