MVD docking后的小分子和蛋白的complex为啥在pymol里不能完全显示？ - 分子模拟 - 其他

故地如重游月圆更寂寞

11楼2011-09-05 21:44:43

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 22 (小学生)
金币: 2620.4
散金: 1153
红花: 26
帖子: 2473
在线: 847.6小时
虫号: 329690
注册: 2007-03-23
性别: GG
专业: 药物化学

引用回帖:

11楼: Originally posted by chemozhang at 2011-09-05 21:44:43:
就几个金币，整天叫着给退，有意思吗
小木虫不是你保姆

我哪有整天叫着要退？我早就忘记这回事情了。他把我的帖子收录成精华，我只是觉得不算精华啊！看清楚别人的意思先！！！！

书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。

12楼2011-09-06 12:08:52

shuzhen

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 77.7
散金: 20
帖子: 66
在线: 56.9小时
虫号: 1051194
注册: 2010-07-03
专业: 药物化学

★
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-09-21 21:37:57

我想用MVD做docking，第一次接触这个软件，看了附带的厚厚的英文说明书还是不太明白，有些问题想咨询一下，不知道可否帮我解答一下啊，因为比较着急把这个弄明白，多谢多谢，希望能大体跟我讲一下。我的疑惑有：1 docking之前在制备小分子和受体的时候，小分子的能量能优化吗？在哪优化啊？
2 docking的时候能不能控制小分子的构型不改变，而保持其最低能量，像symbl中的一样。
3 分析结果的时候是不是按rerank score来排序结合的好坏啊？
希望能帮我看一下这几个问题，在线等~谢谢~

赞一下(1人)

13楼2011-09-21 16:31:30

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 22 (小学生)
金币: 2620.4
散金: 1153
红花: 26
帖子: 2473
在线: 847.6小时
虫号: 329690
注册: 2007-03-23
性别: GG
专业: 药物化学

引用回帖:

13楼: Originally posted by shuzhen at 2011-09-21 16:31:30:
我想用MVD做docking，第一次接触这个软件，看了附带的厚厚的英文说明书还是不太明白，有些问题想咨询一下，不知道可否帮我解答一下啊，因为比较着急把这个弄明白，多谢多谢，希望能大体跟我讲一下。我的疑惑有：1 ...

MVD不肿么样，玩玩还可以，如做学术研究，还是autodock更靠谱些。

书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。

14楼2011-09-21 19:07:59

苏祖清

铜虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 61
红花: 1
帖子: 54
在线: 30.1小时
虫号: 1875491
注册: 2012-07-02
性别: GG
专业: 代谢综合征

先用autodock生成蛋白和受体的结合的pdbqt文件,再用autodock打开pdbqt文件,另存为pdb文件,再用pymol打开就行了.成功的话,谢谢采纳

我来学学

15楼2013-04-02 18:11:03