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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » MVD docking后的小分子和蛋白的complex为啥在pymol里不能完全显示？
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chemozhang

木虫 (正式写手)
就几个金币，整天叫着给退，有意思吗
小木虫不是你保姆
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故地如重游月圆更寂寞
11楼2011-09-05 21:44:43
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by chemozhang at 2011-09-05 21:44:43:
就几个金币，整天叫着给退，有意思吗
小木虫不是你保姆

我哪有整天叫着要退？我早就忘记这回事情了。他把我的帖子收录成精华，我只是觉得不算精华啊！看清楚别人的意思先！！！！
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
12楼2011-09-06 12:08:52
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shuzhen

新虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-09-21 21:37:57
我想用MVD做docking，第一次接触这个软件，看了附带的厚厚的英文说明书还是不太明白，有些问题想咨询一下，不知道可否帮我解答一下啊，因为比较着急把这个弄明白，多谢多谢，希望能大体跟我讲一下。我的疑惑有：1 docking之前在制备小分子和受体的时候，小分子的能量能优化吗？在哪优化啊？
2 docking的时候能不能控制小分子的构型不改变，而保持其最低能量，像symbl中的一样。
3 分析结果的时候是不是按rerank score来排序结合的好坏啊？
希望能帮我看一下这几个问题，在线等~谢谢~
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13楼2011-09-21 16:31:30
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by shuzhen at 2011-09-21 16:31:30:
我想用MVD做docking，第一次接触这个软件，看了附带的厚厚的英文说明书还是不太明白，有些问题想咨询一下，不知道可否帮我解答一下啊，因为比较着急把这个弄明白，多谢多谢，希望能大体跟我讲一下。我的疑惑有：1 ...

MVD不肿么样，玩玩还可以，如做学术研究，还是autodock更靠谱些。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
14楼2011-09-21 19:07:59
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苏祖清

铜虫 (小有名气)
先用autodock生成蛋白和受体的结合的pdbqt文件,再用autodock打开pdbqt文件,另存为pdb文件,再用pymol打开就行了.成功的话,谢谢采纳
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我来学学
15楼2013-04-02 18:11:03
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