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chemozhang

木虫 (正式写手)

就几个金币,整天叫着给退,有意思吗
小木虫不是你保姆
故地如重游月圆更寂寞
11楼2011-09-05 21:44:43
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by chemozhang at 2011-09-05 21:44:43:
就几个金币,整天叫着给退,有意思吗
小木虫不是你保姆

我哪有整天叫着要退?我早就忘记这回事情了。他把我的帖子收录成精华,我只是觉得不算精华啊!看清楚别人的意思先!!!!
书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
12楼2011-09-06 12:08:52
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shuzhen

新虫 (小有名气)


御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-09-21 21:37:57
我想用MVD做docking,第一次接触这个软件,看了附带的厚厚的英文说明书还是不太明白,有些问题想咨询一下,不知道可否帮我解答一下啊,因为比较着急把这个弄明白,多谢多谢,希望能大体跟我讲一下。我的疑惑有:1 docking之前在制备小分子和受体的时候,小分子的能量能优化吗?在哪优化啊?
2 docking的时候能不能控制小分子的构型不改变,而保持其最低能量,像symbl中的一样。
3 分析结果的时候是不是按rerank score来排序结合的好坏啊?
希望能帮我看一下这几个问题,在线等~谢谢~
13楼2011-09-21 16:31:30
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by shuzhen at 2011-09-21 16:31:30:
我想用MVD做docking,第一次接触这个软件,看了附带的厚厚的英文说明书还是不太明白,有些问题想咨询一下,不知道可否帮我解答一下啊,因为比较着急把这个弄明白,多谢多谢,希望能大体跟我讲一下。我的疑惑有:1 ...

MVD不肿么样,玩玩还可以,如做学术研究,还是autodock更靠谱些。
书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
14楼2011-09-21 19:07:59
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苏祖清

铜虫 (小有名气)

先用autodock生成蛋白和受体的结合的pdbqt文件,再用autodock打开pdbqt文件,另存为pdb文件,再用pymol打开就行了.成功的话,谢谢采纳
我来学学
15楼2013-04-02 18:11:03
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