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pkuchemistry捐助贵宾 (著名写手)
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[求助]
MVD docking后的小分子和蛋白的complex为啥在pymol里不能完全显示？
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求助：用MVD docking后的ligand和蛋白的complex，另存为mol2文件后，用pymol怎么不能在同一窗口里打开ligand和蛋白的结合的complex结构呢？而且此时如要显示sequence的话，没有那种直接从PDB download的很长的氨基酸序列了。。。为什么呢？该怎么设置才能出现那种经典的小分子和蛋白结合的complex？？谢谢。 [ Last edited by ghcacj on 2011-5-2 at 14:20 ] |
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御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-09-21 21:37:57
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-09-21 21:37:57
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我想用MVD做docking，第一次接触这个软件，看了附带的厚厚的英文说明书还是不太明白，有些问题想咨询一下，不知道可否帮我解答一下啊，因为比较着急把这个弄明白，多谢多谢，希望能大体跟我讲一下。我的疑惑有：1 docking之前在制备小分子和受体的时候，小分子的能量能优化吗？在哪优化啊？ 2 docking的时候能不能控制小分子的构型不改变，而保持其最低能量，像symbl中的一样。 3 分析结果的时候是不是按rerank score来排序结合的好坏啊？ 希望能帮我看一下这几个问题，在线等~谢谢~ |
13楼2011-09-21 16:31:30
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2楼2011-04-29 15:30:53
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3楼2011-04-29 18:43:26
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天天提示我要给别人金币，又没几个回复的，系统你这是干嘛啊？？？！！！！ 4楼2011-05-01 15:31:57