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汕头大学海洋科学接受调剂
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] MVD docking后的小分子和蛋白的complex为啥在pymol里不能完全显示?

求助:用MVD docking后的ligand和蛋白的complex,另存为mol2文件后,用pymol怎么不能在同一窗口里打开ligand和蛋白的结合的complex结构呢?而且此时如要显示sequence的话,没有那种直接从PDB download的很长的氨基酸序列了。。。为什么呢?该怎么设置才能出现那种经典的小分子和蛋白结合的complex??谢谢。


[ Last edited by ghcacj on 2011-5-2 at 14:20 ]
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书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
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chemozhang

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-09-21 21:36:59
精彩这是系统加的话,我收录的是问题锦集。有你这样说话的吗?
既然这样,我来解决吧,也不妄系统给的 “帖子真精彩”
用MVD docking后的ligand和蛋白的complex,另存为mol2文件后,里面是两个分子。
一个分子mol2文件末尾有个结束标记 ---- ENDMDL.
你把复合物mol2文件用记事本打开,把第一个分子末尾的ENDMDL一行去掉,保存。
这样pyMOL就认为是一个分子,能同时显示蛋白和小分子。
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 21:39:11
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
pkuchemistry(金币+5): 2011-04-29 18:36:27
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-02 14:17:47
我也遇到了不能同时显示的问题,尽管不是用MVD做的,后来用ligplus可以显示啦

可以存成pdb格式试下

good luck
2楼2011-04-29 15:30:53
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by PSA at 2011-04-29 15:30:53:
我也遇到了不能同时显示的问题,尽管不是用MVD做的,后来用ligplus可以显示啦

可以存成pdb格式试下

good luck

楼上,你的解释不够详细
1)什么是ligplus?是做什么用的?
2)我应该存成过PDB格式,但是故障照旧。
3)一般你用什么软件做docking?

请有空的时候回复一下好吗?也可以qq交流。多谢。
书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
3楼2011-04-29 18:43:26
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

天天提示我要给别人金币,又没几个回复的,系统你这是干嘛啊???!!!!
书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
4楼2011-05-01 15:31:57
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