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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】自己做出来的序列和已经发表的序列不同 什么原因
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hclcarl

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】自己做出来的序列和已经发表的序列不同 什么原因

Sample Text
前一段时间自己做出来的基因序列，经过BLAST比对发现与已经发表的基因序列有些差异（我的片段500bp大概有30-40个碱基的不同，整个基因全长2500-3000左右）不知道是什么原因，希望高手给解答一下小弟在此先谢过了。
另外我想问一下怎么能够确定一个我做出来的序列是这个基因或蛋白的另外一种形式。比如补体系统的C3在海鞘就有C3-1和C3-2两种形式
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1楼 2011-03-21 15:40:39
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gwd0312

木虫 (正式写手)
★
rainwander(金币+1): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-03-21 18:55:46
hclcarl(金币+1): 2011-03-22 08:23:19
引用回帖:
Originally posted by hclcarl at 2011-03-21 15:40:39:
Sample Text
前一段时间自己做出来的基因序列，经过BLAST比对发现与已经发表的基因序列有些差异（我的片段500bp大概有30-40个碱基的不同，整个基因全长2500-3000左右）不知道是什么原因，希望 ...

你这个基因片段可能和已经发表的基因属于同一家族，也有可能是你P出来的基因发生突变，不过前者可能性较大。
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2楼2011-03-21 16:46:06
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
hclcarl(金币+1): 2011-03-22 08:23:25
单核苷酸突变也是很多的。 如果是进化比较快的区域。 另外。 你的是重复实验还是同属不同种？
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3楼2011-03-21 20:00:08
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hclcarl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2011-03-21 20:00:08:
单核苷酸突变也是很多的。 如果是进化比较快的区域。 另外。 你的是重复实验还是同属不同种？

我的实验实验是同种同属的
另外我想知道有没有什么软件能够判断这个区域是不是进化比较快的区域 是不是应该把这个基因的全长扩出来再比一下
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4楼2011-03-22 08:27:42
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hclcarl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gwd0312 at 2011-03-21 16:46:06:
你这个基因片段可能和已经发表的基因属于同一家族，也有可能是你P出来的基因发生突变，不过前者可能性较大。

是不是应该把这个基因的全长扩出来在比一下然后再确定是不是同一家族的
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5楼2011-03-22 08:29:32
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小鱼儿822

铜虫 (初入文坛)
hclcarl(金币+1): 2011-03-23 10:43:47
我的试验也遇到了类似情况，更糟的的是，我的不同重复之间，碱基序列还有差异。
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6楼2011-03-22 08:46:14
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gwd0312

木虫 (正式写手)
hclcarl(金币+1): 2011-03-23 10:40:59
引用回帖:
Originally posted by hclcarl at 2011-03-22 08:29:32:
是不是应该把这个基因的全长扩出来在比一下然后再确定是不是同一家族的

最好是拿到全长比对一下哈。根据同源性就很容易看出来你的基因属于哪个家族。
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7楼2011-03-22 10:13:10
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hclcarl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 小鱼儿822 at 2011-03-22 08:46:14:
我的试验也遇到了类似情况，更糟的的是，我的不同重复之间，碱基序列还有差异。

呃...你用的是什么酶？片段是多长？
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8楼2011-03-23 10:43:28
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yabxxh

木虫 (正式写手)
hclcarl(金币+1): 2011-03-23 16:01:05
这个差个几个还算正常，差这么多的话，是不是PCR循环数太多，还是酶保真性不好，另外不排除是物种不同或者家族基因，最好能把氨基酸序列翻译出来，去做个BlastP，好运
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9楼2011-03-23 11:07:55
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小鱼儿822

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by hclcarl at 2011-03-23 10:43:28:
呃...你用的是什么酶？片段是多长？

我一般用Ex Taq，就在3端用的LA taq，结果序列全一致了。我正在用LA TAQ
重复，不知如何？不过我的片段都很长，最短的接近2000bp。
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10楼2011-03-23 11:16:27
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hclcarl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yabxxh at 2011-03-23 11:07:55:
这个差个几个还算正常，差这么多的话，是不是PCR循环数太多，还是酶保真性不好，另外不排除是物种不同或者家族基因，最好能把氨基酸序列翻译出来，去做个BlastP，好运

我用的是宝生物的Taq酶 30个循环 应该没有问题吧
我决定还是把全长拿出来再笔下看看
谢谢
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11楼2011-03-23 16:03:50
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hclcarl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 小鱼儿822 at 2011-03-23 11:16:27:
我一般用Ex Taq，就在3端用的LA taq，结果序列全一致了。我正在用LA TAQ
重复，不知如何？不过我的片段都很长，最短的接近2000bp。

E Taq保真性应该就挺好的了 但是我决的你的片段属实有点长 个人感觉这会有些影响 还是把片段弄短些试试 好运
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12楼2011-03-23 16:08:37
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