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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】分子模拟还是同源建模
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奋斗1s

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】分子模拟还是同源建模

在做分子对接时，如果没有蛋白质的三维结构，一般通过同源建模得到所需蛋白质的三维结构。现在想和各位虫虫们讨论一下：是在swiss-model上面下载上面自动建模得到的蛋白质好呢，还是自己同源建模得到的三维结构比较好？请各位各抒己见，好让我们这些比较晚接触这方面的有所取舍。
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1楼 2011-03-02 20:44:51
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fiend_wing_bo

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-07 15:50:21
我觉得如果是你的蛋白有晶体结构的话当然直接下载的好，如果没有，就只能建模了
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2楼2011-03-07 12:02:25
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houxuben

木虫 (正式写手)
★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
自我感觉还是自己建比较放心一些
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3楼2011-06-04 10:49:39
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
奋斗1s(金币+3): 谢谢你的详细指导呀！ 2011-06-04 18:25:46
其实这个标题取得就有问题，呵呵~同源模建只是分子模拟的一种手段而已，自己建模是个什么意思？我的理解是利用modeller?这里有几个问题需要说明：
1.其实modeller和SWISS-MODEL构建模型的过程是很类似的，如果目标蛋白和模板蛋白的序列一致性比较高的话，SWISS-MODEL是个很不错的选择啊！
2.对于序列一致性比较低的序列来说，两种软件都不会是最好的选择，这是同源模建本身的方法引起的，而不是软件之间的不同。
3.如果你有比较奇怪的要求的话，modeller可以自己控制的步骤比较多，相对来说自由度能大一些，但是现在SWISS-MODEL也可以实现杂原子建模和多聚体建模了~我感觉就很不错了
4.SWISS-MODEL本身提供了一些模型评价的指标，对你了解模型的质量有很大的帮助，为何不用呢？哈哈
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4楼2011-06-04 11:08:36
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
SWISS-MODEL没有modeller建模好吧，看过一些关于同源建模的综述，有比较建模软件之间的不同，觉得还是modeller比较好。而且不光是简单的间隔模型就好了，如果选择的模板同源性较高，可信度是比较大的，但大多数时候建模之后是需要对所建的蛋白模型进行优化和评估的，然后再做AUTO-DOCK结果相对来说才比较可靠。没有晶体结构，只靠建模还是需要多方面考虑的，有时候自己做出来的结果，建的模型自己都不敢相信的说
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5楼2011-06-04 12:32:30
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by shuifen1108 at 2011-06-04 12:32:30:
SWISS-MODEL没有modeller建模好吧，看过一些关于同源建模的综述，有比较建模软件之间的不同，觉得还是modeller比较好。而且不光是简单的间隔模型就好了，如果选择的模板同源性较高，可信度是比较大的，但大多数时 ...

我同时在用MODELLER和SWISS-MODEL,在单纯的模型质量评价指标上来看，两者并不会有明显的偏差，呵呵~因为同源模建得到的只是个基本结构，俺都是用MD对结果优化后提取平均构象再做对接的
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84948414
6楼2011-06-04 15:24:04
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-04 15:24:04:
我同时在用MODELLER和SWISS-MODEL,在单纯的模型质量评价指标上来看，两者并不会有明显的偏差，呵呵~因为同源模建得到的只是个基本结构，俺都是用MD对结果优化后提取平均构象再做对接的

恩，我同意你的观点，建模之后的优化很重要，用MD跑分子动力学要花很长时间吧。期待有机会向你多请教
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7楼2011-06-04 20:53:50
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
★ ★
奋斗1s(金币+2): thanks a lot 2011-07-02 18:44:03
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-07-02 23:26:07
个人觉得SWISS-MODEL建模有点太粗糙了  自己建模好一点  但最重要的还是后面的优化步骤，跑分子动力学对所建的三维结构进行优化，再做分子对接比较好，只是优化需要很长时间，ＬＺ要有心理准备
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9楼2011-07-02 15:51:45
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84948414

金虫 (小有名气)
★
奋斗1s(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
引用回帖:
1292169楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-06-04 15:24:04
我同时在用MODELLER和SWISS-MODEL,在单纯的模型质量评价指标上来看，两者并不会有明显的偏差，呵呵~因为同源模建得到的只是个基本结构，俺都是用MD对结果优化后提取平均构象再做对接的...

您好，我是分子模拟新手，想尝试模拟实验，但是有些问题还不是特别清楚，想请教您一下。我的情况是这样：
我做的是a-葡萄糖苷酶，用的是S来源的酶，但是这个酶下不到PDB，文献中有用B来源的酶（具有较好同源性）同源建模，这时候是直接下载B源酶的PDB下来对接还是还有其他步骤？麻烦您了，
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11楼2012-08-13 14:35:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-15 14:39:31
用B来源的PDB作为模版建立S来源的糖苷酶的结构模型，然后对接

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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12楼2012-08-13 17:27:45
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
奋斗1s(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-15 14:39:45
swiss-model只能建一个模型，modeller可以构建多个模型，然后选择能量最低的模型，或作模拟，或作对接。
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13楼2012-08-13 19:30:59
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84948414

金虫 (小有名气)
引用回帖:
1362935楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-08-13 17:27:45
用B来源的PDB作为模版建立S来源的糖苷酶的结构模型，然后对接

那这个同源建模的时间大概需要多长时间？
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14楼2012-08-15 08:42:42
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奋斗1s

金虫 (正式写手)
引用回帖:
1363023楼: Originally posted by 84948414 at 2012-08-15 08:42:42
那这个同源建模的时间大概需要多长时间？...

很快
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84948414
15楼2012-08-15 08:51:16
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84948414

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
1363026楼: Originally posted by 奋斗1s at 2012-08-15 08:51:16
很快...

因为我新手，现在有关对接的知识都来源于论坛和文献，我看他们建模完以后，还要进行优化，评价，这个比较耗时间是吧？
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16楼2012-08-15 10:50:53
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fly00133

铁虫 (初入文坛)
★
奋斗1s(金币+1): 谢谢参与
可以试着用SYBYL当中的Advanced Protein Modelling
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17楼2012-08-15 11:14:38
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huagai8楼
2011-07-01 16:31   回复  
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马清清10楼
2012-04-17 15:23   回复  
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