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奋斗1s

金虫 (正式写手)


[交流] 【讨论】分子模拟还是同源建模

在做分子对接时,如果没有蛋白质的三维结构,一般通过同源建模得到所需蛋白质的三维结构。现在想和各位虫虫们讨论一下:是在swiss-model上面下载上面自动建模得到的蛋白质好呢,还是自己同源建模得到的三维结构比较好?请各位各抒己见,好让我们这些比较晚接触这方面的有所取舍。
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shuifen1108

金虫 (正式写手)



奋斗1s(金币+1):谢谢参与
SWISS-MODEL没有modeller建模好吧,看过一些关于同源建模的综述,有比较建模软件之间的不同,觉得还是modeller比较好。而且不光是简单的间隔模型就好了,如果选择的模板同源性较高,可信度是比较大的,但大多数时候建模之后是需要对所建的蛋白模型进行优化和评估的,然后再做AUTO-DOCK结果相对来说才比较可靠。没有晶体结构,只靠建模还是需要多方面考虑的,有时候自己做出来的结果,建的模型自己都不敢相信的说
5楼2011-06-04 12:32:30
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fiend_wing_bo

银虫 (小有名气)


★ ★ ★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-07 15:50:21
我觉得如果是你的蛋白有晶体结构的话当然直接下载的好,如果没有,就只能建模了
2楼2011-03-07 12:02:25
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houxuben

木虫 (正式写手)



奋斗1s(金币+1):谢谢参与
自我感觉还是自己建比较放心一些
3楼2011-06-04 10:49:39
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奋斗1s(金币+1):谢谢参与
奋斗1s(金币+3): 谢谢你的详细指导呀! 2011-06-04 18:25:46
其实这个标题取得就有问题,呵呵~同源模建只是分子模拟的一种手段而已,自己建模是个什么意思?我的理解是利用modeller?这里有几个问题需要说明:
1.其实modeller和SWISS-MODEL构建模型的过程是很类似的,如果目标蛋白和模板蛋白的序列一致性比较高的话,SWISS-MODEL是个很不错的选择啊!
2.对于序列一致性比较低的序列来说,两种软件都不会是最好的选择,这是同源模建本身的方法引起的,而不是软件之间的不同。
3.如果你有比较奇怪的要求的话,modeller可以自己控制的步骤比较多,相对来说自由度能大一些,但是现在SWISS-MODEL也可以实现杂原子建模和多聚体建模了~我感觉就很不错了
4.SWISS-MODEL本身提供了一些模型评价的指标,对你了解模型的质量有很大的帮助,为何不用呢?哈哈
4楼2011-06-04 11:08:36
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