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【讨论】分子模拟还是同源建模
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| 在做分子对接时，如果没有蛋白质的三维结构，一般通过同源建模得到所需蛋白质的三维结构。现在想和各位虫虫们讨论一下：是在swiss-model上面下载上面自动建模得到的蛋白质好呢，还是自己同源建模得到的三维结构比较好？请各位各抒己见，好让我们这些比较晚接触这方面的有所取舍。 |
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其实这个标题取得就有问题，呵呵~同源模建只是分子模拟的一种手段而已，自己建模是个什么意思？我的理解是利用modeller?这里有几个问题需要说明： 1.其实modeller和SWISS-MODEL构建模型的过程是很类似的，如果目标蛋白和模板蛋白的序列一致性比较高的话，SWISS-MODEL是个很不错的选择啊！ 2.对于序列一致性比较低的序列来说，两种软件都不会是最好的选择，这是同源模建本身的方法引起的，而不是软件之间的不同。 3.如果你有比较奇怪的要求的话，modeller可以自己控制的步骤比较多，相对来说自由度能大一些，但是现在SWISS-MODEL也可以实现杂原子建模和多聚体建模了~我感觉就很不错了 4.SWISS-MODEL本身提供了一些模型评价的指标，对你了解模型的质量有很大的帮助，为何不用呢？哈哈 |
4楼2011-06-04 11:08:36
