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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】分子模拟还是同源建模
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奋斗1s

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】分子模拟还是同源建模

在做分子对接时，如果没有蛋白质的三维结构，一般通过同源建模得到所需蛋白质的三维结构。现在想和各位虫虫们讨论一下：是在swiss-model上面下载上面自动建模得到的蛋白质好呢，还是自己同源建模得到的三维结构比较好？请各位各抒己见，好让我们这些比较晚接触这方面的有所取舍。
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1楼 2011-03-02 20:44:51
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84948414

金虫 (小有名气)
★
奋斗1s(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
引用回帖:
1292169楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-06-04 15:24:04
我同时在用MODELLER和SWISS-MODEL,在单纯的模型质量评价指标上来看，两者并不会有明显的偏差，呵呵~因为同源模建得到的只是个基本结构，俺都是用MD对结果优化后提取平均构象再做对接的...

您好，我是分子模拟新手，想尝试模拟实验，但是有些问题还不是特别清楚，想请教您一下。我的情况是这样：
我做的是a-葡萄糖苷酶，用的是S来源的酶，但是这个酶下不到PDB，文献中有用B来源的酶（具有较好同源性）同源建模，这时候是直接下载B源酶的PDB下来对接还是还有其他步骤？麻烦您了，
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11楼2012-08-13 14:35:37
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fiend_wing_bo

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-07 15:50:21
我觉得如果是你的蛋白有晶体结构的话当然直接下载的好，如果没有，就只能建模了
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-03-07 12:02:25
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houxuben

木虫 (正式写手)
★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
自我感觉还是自己建比较放心一些
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-06-04 10:49:39
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
奋斗1s(金币+3): 谢谢你的详细指导呀！ 2011-06-04 18:25:46
其实这个标题取得就有问题，呵呵~同源模建只是分子模拟的一种手段而已，自己建模是个什么意思？我的理解是利用modeller?这里有几个问题需要说明：
1.其实modeller和SWISS-MODEL构建模型的过程是很类似的，如果目标蛋白和模板蛋白的序列一致性比较高的话，SWISS-MODEL是个很不错的选择啊！
2.对于序列一致性比较低的序列来说，两种软件都不会是最好的选择，这是同源模建本身的方法引起的，而不是软件之间的不同。
3.如果你有比较奇怪的要求的话，modeller可以自己控制的步骤比较多，相对来说自由度能大一些，但是现在SWISS-MODEL也可以实现杂原子建模和多聚体建模了~我感觉就很不错了
4.SWISS-MODEL本身提供了一些模型评价的指标，对你了解模型的质量有很大的帮助，为何不用呢？哈哈
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4楼2011-06-04 11:08:36
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