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worm2010

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计的问题,大侠们来帮帮忙~谢谢了 已有4人参与

用oligo6设计引物后,假如还想在这对引物两侧各加一个酶切位点的话,会不会影响最初设计的退火温度以及二聚体产生呢?如果影响怎么办呀?应该怎么设计呢?大家来讨论一下吧,我是菜鸟啊,最近PCR总也P不出东西来,郁闷死了
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):热心~ 2010-11-26 09:33:57
基本无影响~~~
p不出来原因很多,别往引物上死扣啊
做足够切当的对照,一定能找到扩不出来的原因的
小木虫之有关部门负责人
2楼2010-11-25 23:23:21
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):鼓励交流,欢迎常来 2010-11-26 09:34:25
什么叫还想再添加酶切位点?一般用软件分析之后,软件会给出适合条件的一对引物,他们的GC和Tm值都相差很小,然后再添加酶切位点,保护碱基,最后再分析单条链以及双链!不知道楼主明白否?
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
3楼2010-11-25 23:23:25
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worm2010

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-11-25 23:23:21:
基本无影响~~~
p不出来原因很多,别往引物上死扣啊
做足够切当的对照,一定能找到扩不出来的原因的

谢谢你给我的建议!
4楼2010-11-26 08:40:42
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worm2010

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 天使托 at 2010-11-25 23:23:25:
什么叫还想再添加酶切位点?一般用软件分析之后,软件会给出适合条件的一对引物,他们的GC和Tm值都相差很小,然后再添加酶切位点,保护碱基,最后再分析单条链以及双链!不知道楼主明白否?

嗯嗯,大概明白你的意思了,但是“最后再分析单条链以及双链”是把加了酶切位点和保护碱基的一对引物拿到oligo里面分析吗?
5楼2010-11-26 08:42:16
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fjt198719

木虫 (著名写手)

永远的菜鸟

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):辛苦,好多字 2010-11-26 09:45:34
普通PCR的话,建议LZ做个Touchdown PCR,找到最佳退火温度来扩增,一般与软件和合成引物单上写的没啥关系。
本人从来不计算TM值,因为一般都是直接把目的基因全部扩增出来,设计引物都是直接手写,酶切位点当然要用软件分析下才选择的(载体上有,目的基因上无,双酶切效果好点的),扩增200-3000片段全部没得问题。SOE-PCR也没的问题,就是直接融合5个片段也没的问题,设计的中间融合引物都是50bp跟30bp的引物一起扩增,刚刚的(这里引物合成单上写的50bp的引物退火温度都是80度左右,30bp的是65左右,而我扩增的退火温度是57度,可以看出来单子上写的没用)。
本人粗略认为退火温度只与目的菌株的GC含量有关
独YY不如众YY!!!
6楼2010-11-26 09:44:37
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by worm2010 at 2010-11-26 08:42:16:

嗯嗯,大概明白你的意思了,但是“最后再分析单条链以及双链”是把加了酶切位点和保护碱基的一对引物拿到oligo里面分析吗?

是啊,就是加了酶切位点和保护碱基之后再分别进行单链和双链分析的!
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
7楼2010-11-26 11:31:45
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worm2010

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by fjt198719 at 2010-11-26 09:44:37:
普通PCR的话,建议LZ做个Touchdown PCR,找到最佳退火温度来扩增,一般与软件和合成引物单上写的没啥关系。
本人从来不计算TM值,因为一般都是直接把目的基因全部扩增出来,设计引物都是直接手写,酶切位点当然要 ...

很受用,谢谢啦!
8楼2010-11-26 14:50:44
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