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hunter3401

新虫 (小有名气)

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[交流] 【求助/交流】如何构建系统更发育树已有12人参与

本人做了一株菌的16S，现在想构建它系统发育树，请虫友们帮忙看下，这样做是否合理，首先Clustx进行多序列比对，将比对的结果MEGA分析——N-Jtree.如果合理的话该如何选择用来进行比对的菌的序列？假如说我的菌与枯草芽孢杆菌有99%的相似性，那么我是在这些结果里来找序列进行Clustx比对吗?

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1楼 2010-08-08 09:52:57

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fanta911

新虫 (初入文坛)

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看天(金币+3):鼓励交流 2010-08-08 13:23:44

好像大家都不大精通这方面，我曾经发帖子希望大家讨论一下可惜回复的也太少。
我没做过细菌的，但是通过做真菌的its也多少了解些，把我的想法说说。做树，首先要在genbank上搜索相似序列，但是上面提交的序列也很多很乱，你要把握的原则是，一要ident那个值要高，二要具体看那条序列的详细信息（序列是否完整，是否可信，这一点主要看信息里的文章是否已经发表）。选几条值高的那个属，然后再选个外类群，做树就可以了，具体的还需要具体摸索。一般百分之99以上可能就是那个种了，不过我这些都是自己摸索，希望辩证的来看。

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2楼2010-08-08 10:29:38

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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！

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看天(金币+2):很热心 2010-08-08 13:23:54

我认为可以直接将你的16s序列放入blast比对，找到2楼所说的，相似的序列，就是比对的前面的一些结果，还有，你想通过比对来鉴定你的细菌是吧，这样的话，可以尽量选择一些不同的种，相同的种一般不超过2个……
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

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3楼2010-08-08 13:17:32

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