应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
2111/22返回列表123456下一页末页
查看: 11940  |  回复: 210
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学 爱笑的女孩子受神眷顾 PDT靶向相关 刘飞儿

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2009-05-02 11:11:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:44
引用回帖:
Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-16 16:49:
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) ...

这是user define force , 属于namd 的高级用法, 涉及的内容很多,
在一个帖子中讲不完. 你还是先学一下基础的吧.
把这个帖子提到的东西看完再说
http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html
赞一下(11人) 回复此楼
108楼2009-11-16 17:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wx3266626

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教下楼主，用VMD作径向分布函数时出现错误：there was an error running measure gofr，这是什么问题呢？VMD报错图片我已上传附件，还请楼主多多指教！
【在线答疑】关于NAMD/VMD
VMD错误.png
赞一下(1人) 回复此楼
207楼2015-11-30 08:57:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

xpyp

木虫 (小有名气)
占个沙发先！

不知到NAMD对小分子与酶复合物的模拟能不能做？

【已解决，答案见 3 楼】

[ Last edited by xpyp on 2009-5-2 at 23:59 ]
赞一下 回复此楼
2楼2009-05-02 11:58:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
【回2楼】
可以，比如下面这篇文献

Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ]
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-05-02 13:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
刚接触NAMD，对于spherical boundary condition比较感兴趣，请问NAMD的spherical boundary condition是如何运作的？和一般的xyz periodic boundary condition有什么不同？可以使用Ewarld summation或PME来计算长程库仑力吗？

谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2009-05-02 13:45:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 5-3 16:09
【回4楼】
NAMD 可以处理SBC，可以参考namd2.7b1 user's guide 第54-55页或
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 0091200000000000000

以活性位点为中心，在半径R1的球内分子完全柔性或小的谐振子恢复力，R1-R2 加上大的恢复力，R2以外完全刚性。基于这个策略，在有效考虑体系重要部位的同时大大减小计算量，主要是减小了对溶剂的计算量。

PME只是用在PBC 上面，SBC 不需要PME。

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 14:03 ]
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2009-05-02 14:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半片雪花

铜虫 (初入文坛)
请问用vmd怎么显示自己定义的特定方向的截面图像啊，谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2009-05-22 16:20:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-25 09:37
【回6楼】
这个在 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=14573 已有结果。
关键在于用selection 选择要显示的晶面。
比如x+2*y<0 是说只显示满足这个条件的原子，就能看到在x+2*y=0方向的晶面了。
赞一下(10人) 回复此楼
7楼2009-05-23 11:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuefei06

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
对NAMD慕名已久，以后会常来讨教呀
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2009-06-11 19:01:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
【回8楼】
你们组里面的精通NAMD 的高人那么多，我也是向他们请教才学会的，
我还想有空时候到你们那边去一下呢。
赞一下 回复此楼
9楼2009-06-11 19:08:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)

请问NAMD中溶剂化时的溶剂可否用别的溶剂呢？又是怎么加入进去的呢？

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问NAMD中溶剂化时的溶剂可否用别的溶剂呢？又是怎么加入进去的呢？请高人指点
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2009-06-28 14:44:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bay__gulf 的主题更新
2111/22返回列表123456下一页末页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 288求调剂 +11 没有答案_ 2026-04-05 11/550 2026-04-07 14:35 by qlm5820
[考研] 调剂 +4 mcbbc 2026-04-06 5/250 2026-04-07 12:33 by upczlm1989
[考研] 283求调剂 +18 A child 2026-04-04 18/900 2026-04-07 12:30 by 1018329917
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程，初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 材料334求调剂 +19 Eecho# 2026-04-03 19/950 2026-04-06 08:37 by 小小树2024
[考研] 22408 总分320，一篇论文二作，两个国三，求调剂 +3 Leomulufu 2026-04-04 5/250 2026-04-05 19:04 by chongya
[考研] 085500机械专硕初试288求调剂 +3 GZJguo666- 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:06 by jkddd
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-04 4/200 2026-04-05 09:44 by zhq0425
[考研] 085602调剂 初试总分335 +12 19123253302 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:08 by 544594351
[考研] 323分（计算机视觉和大模型项目）能直接上手 +3 chaoxiicy 2026-04-01 3/150 2026-04-05 00:50 by chongya
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 求调剂 +4 晟功? 2026-04-03 4/200 2026-04-04 21:58 by hemengdong
[考研] 331求调剂 +3 niby 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:56 by 蓝云思雨
[考研] 302求调剂一志愿华中师范大学 +8 小江小江江江 2026-04-02 8/400 2026-04-04 19:50 by 蓝云思雨
[考研] 272求调剂 +4 松柏常青5 2026-04-03 4/200 2026-04-04 17:03 by babysonlkd
[考研] 数二英二348求调剂 +4 hxdzj1 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:25 by zhq0425
[考研] 366求调剂 +7 sbdnd 2026-04-03 7/350 2026-04-03 12:40 by cymywx
[考研] 一志愿安徽大学0817化学工程与技术，求调剂 +14 我不是只因 2026-04-02 15/750 2026-04-03 09:49 by 蓝云思雨
[考研] 295求调剂 +7 愿旅途永远坦然 2026-04-02 7/350 2026-04-03 08:22 by fangshan711
[考研] 省双一流重点一本大学招收调剂 +4 wwwwffffff 2026-03-31 7/350 2026-04-01 15:23 by wwwwffffff
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭