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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 求助各位，关于初学分子模拟

大家好，本人原来是使用gaussian研究小分子的，gaussian常用的功能，还是比较熟悉掌握的，程度不一定很高。现在需要研究蛋白质与小分子比如金属配合物等的相互作用，想求助一下各位，关于这个方向，哪些软件可以使用，各有什么特点，希望不吝赐教。同时，gaussian的 oniom是否也能起到qm/mm的作用，是否有用gaussian研究大分子的呢？ 谢谢

[ Last edited by hexinchem on 2011-4-30 at 10:06 ]
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1楼 2011-04-30 00:59:45
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
自己顶一下
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2楼2011-04-30 10:07:40
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
hexinchem(金币+2): 谢谢~ 2011-04-30 20:39:39
hexinchem(金币+8): 2011-05-01 10:41:04
御剑江湖(金币+5): 五一快乐 2011-05-01 23:29:06
分子对接：Dock, AutoDock, ArgusLab, iGemDock等十几种
分子动力学：NAMD/VMD，Gromacs.....等十几种
全都是免费的，有些还是开源的。

欢迎来到“自由世界”，脱离“高斯”小资的黑箱操作。
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3楼2011-04-30 20:38:20
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
★
御剑江湖(金币+1): 五一快乐 2011-05-01 23:29:15
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-04-30 20:38:20:
分子对接：Dock, AutoDock, ArgusLab, iGemDock等十几种
分子动力学：NAMD/VMD，Gromacs.....等十几种
全都是免费的，有些还是开源的。

欢迎来到“自由世界”，脱离“高斯”小资的黑箱操作。

谢谢，那请问这些软件都有什么区别吗？
分子对接我大概询问过一些同学和老师，是不是说方法和计算的方式有自己的一套方式，这就是个子区别呢？
那分子动力学软件，又有什么特点呢？ 请指教
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4楼2011-04-30 20:40:53
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 五一快乐 2011-05-01 23:29:22
您不必太在意区别。

美国每所大学（除西太平洋哪种可以复印的大学之外），都是用自己编写的教材，没有所谓教育部统编教材。
软件也是这样。应当追求Yet Another ....。

衷心希望您能多接触不同的东西，脱离大一统的观念，甩掉对标准答案的期盼，穿自己的鞋，走自己的路。
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5楼2011-04-30 20:47:47
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 五一快乐 2011-05-01 23:29:33
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-04-30 20:47:47:
您不必太在意区别。

美国每所大学（除西太平洋哪种可以复印的大学之外），都是用自己编写的教材，没有所谓教育部统编教材。
软件也是这样。应当追求Yet Another ....。

衷心希望您能多接触不同的东西，脱离 ...

恩，有了全新的认识。很欣赏您的观点，也许大家本来都追求是这样的，但是慢慢的就被所谓的主流限制了。现在量化结合的比较多的一个是生物，相对体系大一点，一个是有机合成或者药物类的，这个和这个问题没关系，不过想听听您的观点，不知可否~
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6楼2011-04-30 21:13:16
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 五一快乐 2011-05-01 23:29:41
量化方法，与分子模拟方法之间，有一个“间隙”，也就是所谓“介观”尺度上的计算、模拟：量化算不了那么大，分子模拟算不了那么精。因此，才会有所谓多尺度问题，也就是像显微镜那样，用一组不同焦距的镜片组合起来，协同工作。

在信号处理领域，小波分析就是用来进行多尺度分析的有力工具。但是在分子体系的模拟计算方面，还缺少这么得心应手的工具。当然，早就有一些说法，如Ab initio molecular dynamics...。
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7楼2011-04-30 21:25:36
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 五一快乐 2011-05-01 23:29:49
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-04-30 21:25:36:
量化方法，与分子模拟方法之间，有一个“间隙”，也就是所谓“介观”尺度上的计算、模拟：量化算不了那么大，分子模拟算不了那么精。因此，才会有所谓多尺度问题，也就是像显微镜那样，用一组不同焦距的镜片组合起 ...

恩 是呀 也包括qm/mm方法 和gaussian中的oniom 那您觉得关于生物 和有机 这两个领域的发展如何呢 都说现在生物成为了更受关注的领域 诺贝尔哪些化学奖 也都给了分子生物学研究的科学家 有机是不是会逐渐没落？ 还是？ 还有 我现在是本科生 正在决定未来的方向 请问有机对身体不好这个事情 到底到了什么程度 是一般好一点条件的实验室 注意防护就没事呢 还是无法避免比较大的毒性
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8楼2011-04-30 21:35:22
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
御剑江湖(金币+2): 五一快乐 2011-05-01 23:30:01
俺在通风橱前也正常呼吸了很多年，要不是有杨振宁做榜样，俺也想再测试一下身体情况如何。现在老杨既然走在了前面，俺就省省算了、洗洗睡了。
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9楼2011-05-01 11:00:50
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2011-05-01 11:00:50:
俺在通风橱前也正常呼吸了很多年，要不是有杨振宁做榜样，俺也想再测试一下身体情况如何。现在老杨既然走在了前面，俺就省省算了、洗洗睡了。

呵呵 谢谢 五一快乐 加油 安
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10楼2011-05-01 23:37:57
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