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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 各位朋友，初学者迷茫问一个简单问题
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wgcsteel

木虫 (正式写手)

[求助] 各位朋友，初学者迷茫问一个简单问题

用分子动力学模拟时，由于计算能力的限制，通常设置周期性边界条件，这对模拟宏观尺寸材料性质可以理解，但对模拟纳米尺寸材料也要有周期性边界条件吗，还是根据研究对象的大小来确定要不要设，比如尺寸细小到用一个模拟单元即可时，就不用设周期性边界条件？另外，这样得出来的性质会随单元数量（对象的尺寸）不同而不同吗？
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1楼 2011-08-31 17:05:12
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huai

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

wgcsteel(金币+6): 十分感谢您的解答 2011-09-01 08:48:29
如果模拟的是团簇，它本身就不是周期性的，当然不能用周期性边界条件。但是把模拟的盒子的尺寸取大一点，让盒子与盒子中的原子没有相互作用也是一种做法。模拟的性质一般要求不会随着你所选尺寸的大小而变化，否则就说明你的模拟有问题。所选盒子的大小应该大于两倍的截断半径，这个在一般的书上都会讲到。
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wgcsteel
2楼2011-09-01 08:04:11
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wgcsteel

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by huai at 2011-09-01 08:04:11:
如果模拟的是团簇，它本身就不是周期性的，当然不能用周期性边界条件。但是把模拟的盒子的尺寸取大一点，让盒子与盒子中的原子没有相互作用也是一种做法。模拟的性质一般要求不会随着你所选尺寸的大小而变化，否则 ...

谢谢，那么比如模拟10nm颗粒和模拟微米级颗粒，在结果上会有区别吗，因两者都需要设周期性边界条件。
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3楼2011-09-01 08:58:26
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huai

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-09-01 15:35:54
wgcsteel(金币+4): 明白了，十分感谢huai友的不吝赐教。 2011-09-01 16:56:03
如果你搭建的盒子没有10nm，即原子都是满满占据在盒子里面，恰好用的又是周期性边界条件，那么你算的体系被认为是块体的性质。如果你想模拟10nm的颗粒的话，所谓颗粒就是外面含有自由的表面，要么不要周期性边界条件，要么取一个超大的盒子，比如100nm，而把你想模拟的原子放在盒子中央，此时就算是周期性边界条件也没有关系。
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4楼2011-09-01 14:10:29
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