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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 【求助】提几个cpmd初学的简单问题！
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】提几个cpmd初学的简单问题！

1. 昨晚用cpmd算了一个自己做的文件，一开始没有加maxstep，也就是如下
&CPMD
OPTIMIZE GEOMETRY
  CONVERGENCE ORBITALS
   1.0d-7  
   ODIIS
   5
&END

后来算了一千多步，还没结束，我就停掉了，然后加了maxstep，如下
&CPMD
OPTIMIZE GEOMETRY
  CONVERGENCE ORBITALS
   1.0d-7  
   ODIIS
   5
  MAXSTEP
   100
走了100步，优化结束，
我想知道如果不是按照程序默认的结束，自己设定优化的步数，结果可信度有多大，或者说最终结果好不好。

2. 优化结束后打开文件，看到文件中的坐标单位好像都不是埃了，大家一般用什么软件看结果，是自己写程序把原子单位坐标转化成标准坐标，还是用一些软件简单处理一下，谢谢！

3. 有没有Linux下作cpmd输入软件的小程序或小软件，谢谢
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I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
1楼 2010-09-22 00:18:04
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
yoghurt117(金币+2):谢谢啦，我再看看 2010-09-25 10:23:03
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-19 14:23:02
2.cpmd中有关键字ANGSTROM,加上之后就可以了（QMMM除外），默认的是atomic units
3.不明白什么意思，有吧cpmd plugin，不知道是不是你说的。
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人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
2楼2010-09-24 09:34:16
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zsjan

金虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-10-19 14:23:13
yoghurt117(金币+1): 2010-10-19 20:22:52
第一个问题，100步能达到你的收敛条件了么？我觉得是100步强制停下来了吧！
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3楼2010-10-19 09:37:58
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
是100步强制停下来，但是我看后面能量变化都10E-6了，应该差不多了吧
所以我问这样强制的话结果可信度多少
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I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
4楼2010-10-19 20:23:36
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-20 15:07:32
个人的不成熟看法，还请指点。
100步，是一种停法儿，默认10000步也是一种停法儿，应该主要看要求的收敛精度吧。
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人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
5楼2010-10-19 23:06:36
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xianggui7895

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
yoghurt117(金币+1):谢谢 2010-11-13 00:10:25
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-11-13 12:05:00
引用回帖:
Originally posted by yoghurt117 at 2010-10-19 20:23:36:
是100步强制停下来，但是我看后面能量变化都10E-6了，应该差不多了吧
所以我问这样强制的话结果可信度多少

强制结束可信度肯定不高啊，还有默认的MAXSTEP是1000怎么会出现1000多步还没停？？？

你的初始结构是不是很不合理，所以优化步数多？？建议检查初始结构的合理性。。

第三个问题，你有时间可以自己用VB编写一个吗，不是很难。不过说实话，用处不大，还不如直接写，自由度大

[ Last edited by xianggui7895 on 2010-11-12 at 21:42 ]
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6楼2010-11-12 21:38:52
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
GO停不下，因为你的初始构型离优化结构太远了兄弟。要用实验值。不能离大谱。

看结构简单，直接VMD+GEOMETRY.xyz
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7楼2011-04-15 09:20:17
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