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yoghurt117

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】提几个cpmd初学的简单问题!

1. 昨晚用cpmd算了一个自己做的文件,一开始没有加maxstep,也就是如下
&CPMD
OPTIMIZE GEOMETRY
  CONVERGENCE ORBITALS
   1.0d-7  
   ODIIS
   5
&END

后来算了一千多步,还没结束,我就停掉了,然后加了maxstep,如下
&CPMD
OPTIMIZE GEOMETRY
  CONVERGENCE ORBITALS
   1.0d-7  
   ODIIS
   5
  MAXSTEP
   100
走了100步,优化结束,
我想知道如果不是按照程序默认的结束,自己设定优化的步数,结果可信度有多大,或者说最终结果好不好。

2. 优化结束后打开文件,看到文件中的坐标单位好像都不是埃了,大家一般用什么软件看结果,是自己写程序把原子单位坐标转化成标准坐标,还是用一些软件简单处理一下,谢谢!

3. 有没有Linux下作cpmd输入软件的小程序或小软件,谢谢
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
yoghurt117(金币+2):谢谢啦,我再看看 2010-09-25 10:23:03
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-19 14:23:02
2.cpmd中有关键字ANGSTROM,加上之后就可以了(QMMM除外),默认的是atomic units
3.不明白什么意思,有吧cpmd plugin,不知道是不是你说的。
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
2楼2010-09-24 09:34:16
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zsjan

金虫 (正式写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-10-19 14:23:13
yoghurt117(金币+1): 2010-10-19 20:22:52
第一个问题,100步能达到你的收敛条件了么?我觉得是100步强制停下来了吧!
3楼2010-10-19 09:37:58
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yoghurt117

木虫 (正式写手)

是100步强制停下来,但是我看后面能量变化都10E-6了,应该差不多了吧
所以我问这样强制的话结果可信度多少
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的!
4楼2010-10-19 20:23:36
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-20 15:07:32
个人的不成熟看法,还请指点。
100步,是一种停法儿,默认10000步也是一种停法儿,应该主要看要求的收敛精度吧。
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
5楼2010-10-19 23:06:36
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xianggui7895

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
yoghurt117(金币+1):谢谢 2010-11-13 00:10:25
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-11-13 12:05:00
引用回帖:
Originally posted by yoghurt117 at 2010-10-19 20:23:36:
是100步强制停下来,但是我看后面能量变化都10E-6了,应该差不多了吧
所以我问这样强制的话结果可信度多少

强制结束可信度肯定不高啊,还有默认的MAXSTEP是1000怎么会出现1000多步还没停???

你的初始结构是不是很不合理,所以优化步数多??建议检查初始结构的合理性。。

第三个问题,你有时间可以自己用VB编写一个吗,不是很难。不过说实话,用处不大,还不如直接写,自由度大

[ Last edited by xianggui7895 on 2010-11-12 at 21:42 ]
6楼2010-11-12 21:38:52
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


GO停不下,因为你的初始构型离优化结构太远了兄弟。要用实验值。不能离大谱。

看结构简单,直接VMD+GEOMETRY.xyz
7楼2011-04-15 09:20:17
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