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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-1 20:45
【回10楼】
NAMD 只是一个计算模块，建模和数据处理都是在VMD中进行的。
VMD中那个solvate plugin 目前只能加水，
但可以自己建一个充满溶剂的盒子，然后合并起来。
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11楼2009-06-28 16:24:33
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yfw7210

金虫 (小有名气)

回11楼

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
【回11楼】
谢谢指导！
请你详细解释一下“自己建一个充满溶剂的盒子，然后合并起来”好吗？
或者，举个简单的例子，我是初学者不懂。
另外，您有讲这方面的教程或是指南吗？
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12楼2009-06-29 08:17:44
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-1 20:45
回【12】
看到你在namd-I上面的问题，不明白
你是想用非TIP3P 的水，还是用其他溶剂比如氯仿，乙醇等。
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13楼2009-06-29 10:39:52
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yfw7210

金虫 (小有名气)

回【13】

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
回【13】
我想用一种特殊的水，是几个水分子以氢键相互作用而成为一个较大的分子，我想把这个整体作为溶剂，可以实现吗？ 具体些呢？
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14楼2009-06-30 08:26:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
还有什么特殊要求么，
HB 本身很弱，且大量存在于水分子之间。
即使开始做好了这么一个模型，也会在MD 过程中全部跑散，开始的限制没有起到作用。

可以在一组水分子之间加上某些限制，使之不会跑散，
但这个模型也没有真实对应的客观物体，得到的结果不能说明什么实际问题。
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15楼2009-06-30 08:57:18
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yfw7210

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
回【15】
谢谢！
您可以详细说一下这个限制怎么个加法吗，怎么来实现呢？
VMD 中 加入这种溶剂又是怎么实现的呢？
非常感谢您的指导，不知道您是否方便提供其他的联系方式，QQ 或者 E-mail ?
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16楼2009-06-30 15:05:36
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
能具体描述一下那个“超分子”的结构么，
比如几个水分子(6?)，怎样连接的，强度如何，
做这个结构意图说明什么结果。

如果涉及学术机密可以PM 我，email bay__gulf618 at sina.com
没有的话还是在这里讨论好些。
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17楼2009-06-30 17:22:42
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wsyg1986

铜虫 (正式写手)

新手

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
您好，新手问个问题，这个软件需要电脑什么配置？我做超分子的模拟可以吗？
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18楼2009-06-30 21:30:32
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
引用回帖:
Originally posted by wsyg1986 at 2009-6-30 21:30:
您好，新手问个问题，这个软件需要电脑什么配置？我做超分子的模拟可以吗？

回【18楼】
在多种硬件和操作系统上都能运行。
小到单核PC和windows，大到上千个CPU的超算集群都能运行的很好。
安装和配置并行很方便，但如果需要自己编译(比如要自己加些功能)就很麻烦了。
单个核心上速度除不及gmx 外，也不算慢。
并行效率极高。在上百个核心上效率仍接近100%。
上手很快。

做超分子应该可以，只要有合适的力场。
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19楼2009-07-01 12:17:38
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wsyg1986

铜虫 (正式写手)

再问下

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
-您好：谢谢你的回复，昨天下了个windows版本的，今天装了下，但是有个问题，我是按照：
1. 如果你下载的文件名中没有scr(scrous,源代码)，解压后里面有namd2或namd2.exe,psfgen或psfgen.exe 等，恭喜你，你可以直接使用。否则，寻找新的下载。

2.把解压后的目录放到一个你熟悉的地方，尽量不要有中文名。

3.设置环境变量，在win 下：右击我的电脑>属性>高级>环境变量>在系统变量中找的path>编辑>在后面加分号再把目录加上>确定；在linux 下：在你的~/.bashrc文件中加一行PATH=$PATH你的目录)

4.编辑*.pdb 文件,*.psf 文件，和配置文件，配置文件的后缀名不限，有*.in,*.namd,*.conf等，可以根据你的习惯。配置文件中注明pdb,psf,力场文件的位置，绝对目录相对目录都可以。

5.进入dos 窗口，cd 到配置文件所在目录，输入namd2.exe 配置文件即可
本文来源于分子模拟论坛 http://www.mdbbs.org/，原文链接：http://www.mdbbs.org/redirect.php?tid=1462&goto=lastpost

这个程序装的，但是第四条我不会弄，出现了下面的错误，我没有做过这个，完全不懂，麻烦了。另外我把需要模拟的东西发给您邮件，您帮我看看，这个软件能模拟好吗？

------------ Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: No simulation config file specified on command lin

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: No simulation config file specified on command line.


This application has requested the Runtime to terminate it in an unusua
Please contact the application's support team for more information.
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20楼2009-07-01 14:11:01
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