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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-1 20:45
【回10楼】
NAMD 只是一个计算模块,建模和数据处理都是在VMD中进行的。
VMD中那个solvate plugin 目前只能加水,
但可以自己建一个充满溶剂的盒子,然后合并起来。
11楼2009-06-28 16:24:33
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yfw7210

金虫 (小有名气)

回11楼


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
【回11楼】
谢谢指导!
请你详细解释一下“自己建一个充满溶剂的盒子,然后合并起来”好吗?
或者,举个简单的例子,我是初学者不懂。
另外,您有讲这方面的教程或是指南吗?
12楼2009-06-29 08:17:44
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-1 20:45
回【12】
看到你在namd-I上面的问题,不明白
你是想用非TIP3P 的水,还是用其他溶剂比如氯仿,乙醇等。
13楼2009-06-29 10:39:52
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yfw7210

金虫 (小有名气)

回【13】


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
回【13】
我想用一种特殊的水,是几个水分子以氢键相互作用而成为一个较大的分子,我想把这个整体作为溶剂,可以实现吗? 具体些呢?
14楼2009-06-30 08:26:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
还有什么特殊要求么,
HB 本身很弱,且大量存在于水分子之间。
即使开始做好了这么一个模型,也会在MD 过程中全部跑散,开始的限制没有起到作用。

可以在一组水分子之间加上某些限制,使之不会跑散,
但这个模型也没有真实对应的客观物体,得到的结果不能说明什么实际问题。
15楼2009-06-30 08:57:18
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yfw7210

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
回【15】
谢谢!
您可以详细说一下这个限制怎么个加法吗,怎么来实现呢?
VMD 中 加入这种溶剂又是怎么实现的呢?
非常感谢您的指导,不知道您是否方便提供其他的联系方式,QQ 或者 E-mail ?
16楼2009-06-30 15:05:36
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
能具体描述一下那个“超分子”的结构么,
比如几个水分子(6?),怎样连接的,强度如何,
做这个结构意图说明什么结果。

如果涉及学术机密可以PM 我,email bay__gulf618 at sina.com
没有的话还是在这里讨论好些。
17楼2009-06-30 17:22:42
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wsyg1986

铜虫 (正式写手)

新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
您好,新手问个问题,这个软件需要电脑什么配置?我做超分子的模拟可以吗?
18楼2009-06-30 21:30:32
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
引用回帖:
Originally posted by wsyg1986 at 2009-6-30 21:30:
您好,新手问个问题,这个软件需要电脑什么配置?我做超分子的模拟可以吗?

回【18楼】
在多种硬件和操作系统上都能运行。
小到单核PC和windows,大到上千个CPU的超算集群都能运行的很好。
安装和配置并行很方便,但如果需要自己编译(比如要自己加些功能)就很麻烦了。
单个核心上速度除不及gmx 外,也不算慢。
并行效率极高。在上百个核心上效率仍接近100%。
上手很快。

做超分子应该可以,只要有合适的力场。
19楼2009-07-01 12:17:38
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wsyg1986

铜虫 (正式写手)

再问下


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
-您好:谢谢你的回复,昨天下了个windows版本的,今天装了下,但是有个问题,我是按照:
1. 如果你下载的文件名中没有scr(scrous,源代码),解压后里面有namd2或namd2.exe,psfgen或psfgen.exe 等,恭喜你,你可以直接使用。否则,寻找新的下载。

2.把解压后的目录放到一个你熟悉的地方,尽量不要有中文名。

3.设置环境变量,在win 下:右击我的电脑>属性>高级>环境变量>在系统变量中找的path>编辑>在后面加分号再把目录加上>确定;在linux 下:在你的~/.bashrc文件中加一行PATH=$PATH你的目录)

4.编辑*.pdb 文件,*.psf 文件,和配置文件,配置文件的后缀名不限,有*.in,*.namd,*.conf等,可以根据你的习惯。配置文件中注明pdb,psf,力场文件的位置,绝对目录相对目录都可以。

5.进入dos 窗口,cd 到配置文件所在目录,输入namd2.exe 配置文件即可
本文来源于分子模拟论坛 http://www.mdbbs.org/,原文链接:http://www.mdbbs.org/redirect.php?tid=1462&goto=lastpost

这个程序装的,但是第四条我不会弄,出现了下面的错误,我没有做过这个,完全不懂,麻烦了。另外我把需要模拟的东西发给您邮件,您帮我看看,这个软件能模拟好吗?

------------ Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: No simulation config file specified on command lin

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: No simulation config file specified on command line.


This application has requested the Runtime to terminate it in an unusua
Please contact the application's support team for more information.
20楼2009-07-01 14:11:01
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