| 查看: 12016 | 回复: 210 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
|
[交流]
【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
|
||
回复此楼
wsyg1986
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 86.4
- 散金: 373
- 帖子: 420
- 在线: 158.3小时
- 虫号: 521311
- 注册: 2008-03-08
- 专业: 生物物理化学
再问下
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
|
-您好：谢谢你的回复，昨天下了个windows版本的，今天装了下，但是有个问题，我是按照： 1. 如果你下载的文件名中没有scr(scrous,源代码)，解压后里面有namd2或namd2.exe,psfgen或psfgen.exe 等，恭喜你，你可以直接使用。否则，寻找新的下载。 2.把解压后的目录放到一个你熟悉的地方，尽量不要有中文名。 3.设置环境变量，在win 下：右击我的电脑>属性>高级>环境变量>在系统变量中找的path>编辑>在后面加分号再把目录加上>确定；在linux 下：在你的~/.bashrc文件中加一行PATH=$PATH  你的目录)4.编辑*.pdb 文件,*.psf 文件，和配置文件，配置文件的后缀名不限，有*.in,*.namd,*.conf等，可以根据你的习惯。配置文件中注明pdb,psf,力场文件的位置，绝对目录相对目录都可以。 5.进入dos 窗口，cd 到配置文件所在目录，输入namd2.exe 配置文件即可 本文来源于分子模拟论坛 http://www.mdbbs.org/，原文链接：http://www.mdbbs.org/redirect.php?tid=1462&goto=lastpost 这个程序装的，但是第四条我不会弄，出现了下面的错误，我没有做过这个，完全不懂，麻烦了。另外我把需要模拟的东西发给您邮件，您帮我看看，这个软件能模拟好吗？ ------------ Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------ Reason: FATAL ERROR: No simulation config file specified on command lin Charm++ fatal error: FATAL ERROR: No simulation config file specified on command line. This application has requested the Runtime to terminate it in an unusua Please contact the application's support team for more information. |
20楼2009-07-01 14:11:01
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
|
【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
