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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼 2009-05-02 11:11:38
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:44
引用回帖:
Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-16 16:49:
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) ...

这是user define force , 属于namd 的高级用法, 涉及的内容很多,
在一个帖子中讲不完. 你还是先学一下基础的吧.
把这个帖子提到的东西看完再说
http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html
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108楼2009-11-16 17:05:51
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wx3266626

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教下楼主，用VMD作径向分布函数时出现错误：there was an error running measure gofr，这是什么问题呢？VMD报错图片我已上传附件，还请楼主多多指教！
【在线答疑】关于NAMD/VMD
VMD错误.png
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207楼2015-11-30 08:57:46
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普通回帖

xpyp

木虫 (小有名气)
占个沙发先！

不知到NAMD对小分子与酶复合物的模拟能不能做？

【已解决，答案见 3 楼】

[ Last edited by xpyp on 2009-5-2 at 23:59 ]
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2楼2009-05-02 11:58:42
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
【回2楼】
可以，比如下面这篇文献

Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ]
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3楼2009-05-02 13:13:06
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recoli

金虫 (正式写手)
刚接触NAMD，对于spherical boundary condition比较感兴趣，请问NAMD的spherical boundary condition是如何运作的？和一般的xyz periodic boundary condition有什么不同？可以使用Ewarld summation或PME来计算长程库仑力吗？

谢谢！
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4楼2009-05-02 13:45:28
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 5-3 16:09
【回4楼】
NAMD 可以处理SBC，可以参考namd2.7b1 user's guide 第54-55页或
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 0091200000000000000

以活性位点为中心，在半径R1的球内分子完全柔性或小的谐振子恢复力，R1-R2 加上大的恢复力，R2以外完全刚性。基于这个策略，在有效考虑体系重要部位的同时大大减小计算量，主要是减小了对溶剂的计算量。

PME只是用在PBC 上面，SBC 不需要PME。

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 14:03 ]
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5楼2009-05-02 14:01:47
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半片雪花

铜虫 (初入文坛)
请问用vmd怎么显示自己定义的特定方向的截面图像啊，谢谢
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6楼2009-05-22 16:20:20
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-25 09:37
【回6楼】
这个在 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=14573 已有结果。
关键在于用selection 选择要显示的晶面。
比如x+2*y<0 是说只显示满足这个条件的原子，就能看到在x+2*y=0方向的晶面了。
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7楼2009-05-23 11:09:45
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
对NAMD慕名已久，以后会常来讨教呀
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8楼2009-06-11 19:01:59
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
【回8楼】
你们组里面的精通NAMD 的高人那么多，我也是向他们请教才学会的，
我还想有空时候到你们那边去一下呢。
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9楼2009-06-11 19:08:06
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yfw7210

金虫 (小有名气)

请问NAMD中溶剂化时的溶剂可否用别的溶剂呢？又是怎么加入进去的呢？

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问NAMD中溶剂化时的溶剂可否用别的溶剂呢？又是怎么加入进去的呢？请高人指点
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2009-06-28 14:44:26
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