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bay__gulf
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zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:44
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这是user define force , 属于namd 的高级用法, 涉及的内容很多, 在一个帖子中讲不完. 你还是先学一下基础的吧. 把这个帖子提到的东西看完再说 http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html |
108楼2009-11-16 17:05:51
wx3266626
银虫 (小有名气)
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
bay__gulf
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【回4楼】 NAMD 可以处理SBC，可以参考namd2.7b1 user's guide 第54-55页或 http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 0091200000000000000 以活性位点为中心，在半径R1的球内分子完全柔性或小的谐振子恢复力，R1-R2 加上大的恢复力，R2以外完全刚性。基于这个策略，在有效考虑体系重要部位的同时大大减小计算量，主要是减小了对溶剂的计算量。 PME只是用在PBC 上面，SBC 不需要PME。 [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 14:03 ] |
5楼2009-05-02 14:01:47
6楼2009-05-22 16:20:20
bay__gulf
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【回6楼】 这个在 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=14573 已有结果。 关键在于用selection 选择要显示的晶面。 比如x+2*y<0 是说只显示满足这个条件的原子，就能看到在x+2*y=0方向的晶面了。 |
7楼2009-05-23 11:09:45
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8楼2009-06-11 19:01:59
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