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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-20 09:22
【回30】
你的思路非常正确，最大的问题是力场参数。

namd软件或是charmm力场做固体也大都是一些非金属材料形成的原子晶体。
看到过关于DNA穿越纳米孔道的也只是Si 的化合物，如Si3N4, SiO2 等，几乎没有看到过纯金属的。

charmm 中有一些金属的力场，那些全都是水化金属离子的。金属单质的势函数极为复杂，可能charmm 力场本身就表达不了。更不要说金属同有机物的相互作用了。

做金属单质的有不少用lammps 的，你可以关注一下

[ Last edited by bay__gulf on 2009-7-16 at 15:11 ]
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31楼2009-07-16 15:05:11
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involute

新虫 (初入文坛)

回31

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
非常感谢您的回答！

想继续请教几个问题：
第一，你说的力场问题，我仔细查了参考文献，有这样一篇：Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S. Goddard, W. A., III; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024. 它里面提出了一个Uniform force field (UFF)，给出了各种势场的公式、参数，原则上可以计算CHARMM力场参数。

第二，一开始的时候，往DNA的pdb文件里，写入构成电极的全部金原子坐标位置，我打算利用materials studio的图形界面，画出组成电极的原子构型，然后保存成pdb文件，最后把这个pdb文件和DNA的pdb文件合二为一。你看可不可行？

第三，在topology文件里，把全部金原子写进一个residue，是不是太麻烦了？有无可能选取一个超晶胞（supercell）写residue，然后在生成psf时，其它所有金原子都会按照这个超晶胞，生成晶格结构？
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32楼2009-07-19 19:20:58
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-20 09:23
1
UFF 是求全型力场，几乎可以计算任何体系，但精度很差。
charmm 力场只包含键、角、二面角、交叉项(限制肽平面)、vdW 和静电力，这么力场形式可能太简单处理不了金属单质。
只是建议，我没有做过这些，你可以按自己的思路试一下。

2
可以，分别制作电极和DNA的pdb/psf，然后在psfgen 里面就能合并在一起

3
对于单个原子的，像水溶液中的离子，都是每个原子一个residue 的。
如果你用charmm形式的力场，可以每个residue 只有一个原子，这样top 文件就好写了。

你的很大的一个问题是力场。即要精确可信，又要兼容namd。剩下的问题，比如如何写top 文件等，都要等到力场确定后才能考虑。
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33楼2009-07-19 20:50:49
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-21 10:47
找到一篇处理金-蛋白的文献，有vdW力和静电力的处理方法，
http://www.ks.uiuc.edu/Research/gbp/  or
Rosemary Braun, Mehmet Sarikaya, and Klaus Schulten.
Genetically engineered gold-binding polypeptides:
Structure prediction and molecular dynamics.
Journal of Biomaterials Science, 13:747-758, 2002.

不过他们用的是一个很大的金板，
如果你是针尖的话可能要变通一下才能用
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34楼2009-07-21 08:48:16
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用vmd查看的坐标文件，如果是同一个个结构的连续变型，譬如说，碳纳米管的拉伸，要看到拉伸的整个过程，我已将xyz坐标文件的开头写上这根碳纳米管的原子个数，然后空一行，然后第一列是大写的C，第一步就是没拉伸的碳纳米管结构，第二步的结构就很乱，有些键应该断掉，但是还连着。是否在VMD中有断键的设置？
就是说两个原子超过多大距离以后就没有键了，不知道怎样能解决。
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35楼2009-07-26 10:53:37
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 10:31
vmd 根据psf 或top 文件判断键连信息，在representation 框中dynamic bonds 试试看
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36楼2009-07-26 11:26:41
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tangjikede

新虫 (小有名气)
Thanks.
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37楼2009-08-02 15:16:24
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tangjikede

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问怎样把连续变化的结构变形，制作成动画，现在只能通过手动拉动滑条看到。我想用VMD 里extensions -->Visualization ---> Movie maker. 但是点击 Make movie 后只自动生成一些bmp 文件，会弹出一条信息，Program not found  could not locate 'videomach.exe' ......, 是否缺了一些东西，
不知道怎样能制作一个视频频文件，然后就可以自动播放卡看到整个过程。
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38楼2009-08-02 15:29:12
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 8-4 20:15
VideoMach 是一款可以把图片做成视频的软件，vmd 本身不带。
这个很容易下载。

linux 下可以用bmp2avi 生成视频。
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39楼2009-08-02 19:06:34
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wld0328_17

新虫 (小有名气)

新手提问 ，在线等

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我们学校有个SGI Altix XE 1300 的集群， 应该下载哪个版本的NAMD？
我试了几个Linux的，当输入命令 namd2 sim_short.conf 时总是提示“namd2 cannot found ”, 这是为什么？
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脚踏实地。
40楼2009-08-05 09:46:51
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