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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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回31
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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非常感谢您的回答！ 想继续请教几个问题： 第一，你说的力场问题，我仔细查了参考文献，有这样一篇：Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S. Goddard, W. A., III; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024. 它里面提出了一个Uniform force field (UFF)，给出了各种势场的公式、参数，原则上可以计算CHARMM力场参数。 第二，一开始的时候，往DNA的pdb文件里，写入构成电极的全部金原子坐标位置，我打算利用materials studio的图形界面，画出组成电极的原子构型，然后保存成pdb文件，最后把这个pdb文件和DNA的pdb文件合二为一。你看可不可行？ 第三，在topology文件里，把全部金原子写进一个residue，是不是太麻烦了？有无可能选取一个超晶胞（supercell）写residue，然后在生成psf时，其它所有金原子都会按照这个超晶胞，生成晶格结构？ |
32楼2009-07-19 19:20:58
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
