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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼2009-05-02 11:11:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
【回2楼】
可以，比如下面这篇文献

Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ]
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3楼2009-05-02 13:13:06
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 5-3 16:09
【回4楼】
NAMD 可以处理SBC，可以参考namd2.7b1 user's guide 第54-55页或
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 0091200000000000000

以活性位点为中心，在半径R1的球内分子完全柔性或小的谐振子恢复力，R1-R2 加上大的恢复力，R2以外完全刚性。基于这个策略，在有效考虑体系重要部位的同时大大减小计算量，主要是减小了对溶剂的计算量。

PME只是用在PBC 上面，SBC 不需要PME。

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 14:03 ]
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5楼2009-05-02 14:01:47
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-25 09:37
【回6楼】
这个在 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=14573 已有结果。
关键在于用selection 选择要显示的晶面。
比如x+2*y<0 是说只显示满足这个条件的原子，就能看到在x+2*y=0方向的晶面了。
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7楼2009-05-23 11:09:45
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
【回8楼】
你们组里面的精通NAMD 的高人那么多，我也是向他们请教才学会的，
我还想有空时候到你们那边去一下呢。
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9楼2009-06-11 19:08:06
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-1 20:45
【回10楼】
NAMD 只是一个计算模块，建模和数据处理都是在VMD中进行的。
VMD中那个solvate plugin 目前只能加水，
但可以自己建一个充满溶剂的盒子，然后合并起来。
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11楼2009-06-28 16:24:33
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-1 20:45
回【12】
看到你在namd-I上面的问题，不明白
你是想用非TIP3P 的水，还是用其他溶剂比如氯仿，乙醇等。
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13楼2009-06-29 10:39:52
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
还有什么特殊要求么，
HB 本身很弱，且大量存在于水分子之间。
即使开始做好了这么一个模型，也会在MD 过程中全部跑散，开始的限制没有起到作用。

可以在一组水分子之间加上某些限制，使之不会跑散，
但这个模型也没有真实对应的客观物体，得到的结果不能说明什么实际问题。
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15楼2009-06-30 08:57:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
能具体描述一下那个“超分子”的结构么，
比如几个水分子(6?)，怎样连接的，强度如何，
做这个结构意图说明什么结果。

如果涉及学术机密可以PM 我，email bay__gulf618 at sina.com
没有的话还是在这里讨论好些。
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17楼2009-06-30 17:22:42
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-1 20:46
引用回帖:
Originally posted by wsyg1986 at 2009-6-30 21:30:
您好，新手问个问题，这个软件需要电脑什么配置？我做超分子的模拟可以吗？

回【18楼】
在多种硬件和操作系统上都能运行。
小到单核PC和windows，大到上千个CPU的超算集群都能运行的很好。
安装和配置并行很方便，但如果需要自己编译(比如要自己加些功能)就很麻烦了。
单个核心上速度除不及gmx 外，也不算慢。
并行效率极高。在上百个核心上效率仍接近100%。
上手很快。

做超分子应该可以，只要有合适的力场。
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19楼2009-07-01 12:17:38
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