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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼2009-05-02 11:11:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by cat78323 at 2011-07-18 22:26:52:
【回复185楼】
抱歉...我依舊不懂您的意思，我目前已經能夠產生membrane protein tutorial 的page 15下方這十個檔案segA.pdb, segB.pdb, segC.pdb, segD.pdb,
pot.pdb, filtwat.pdb, and crystwatA.pdb, crystw ...

没有看那个tutorial的pdf，主管臆断了，说的也不明不白。
这里说清楚一下
其实那个脚本的内容在pdf文件中是列出来的，把它复制下来制作成一个文件即可
但如果抱着学习NAMD的态度，强烈建议自己打一遍，然后弄清楚每一行的意义
赞一下 回复此楼
188楼2011-07-19 11:10:46
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-18 19:57:05
引用回帖:
17614743楼: Originally posted by wenlan2011 at 2012-04-18 15:03:40:
当原子数较大时，在VMD中看轨迹文件dcd时出现load几千针后异常关闭，是怎么回事？:tuzi27

内存不够了
回复此楼
190楼2012-04-18 15:32:50
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-06-05 10:38:19
引用回帖:
17622610楼: Originally posted by zhongshun at 2012-06-04 10:53:50
请问怎么pdb中怎么设定HIS的质子化状态（拓扑文件中已经定义过的）？
为什么在pdb文件中HIS对应的原子个数要少于拓扑文件中定义的个数呢？刚学NAMD不太懂，求解答

pdb 中只有重原子, 没有H的
而HIS的质子化状态体现在H原子多少上

top 文件定义了三种HIS的状态, 分别用不同的resname 名称表示
namd 中, 在制作pdb/psf 文件时候使用pdbalias,
把pdb 中的HIS名称alias成 对应的top 中的resname 就行了
赞一下(1人) 回复此楼
192楼2012-06-04 13:12:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-05 10:38:29
引用回帖:
17622707楼: Originally posted by zhongshun at 2012-06-04 17:58:40
alias命令可以将HIS部分换成HSE，部分换成HSD吗，我直接在pdb文件中更换可以吗？还有pdb文件中将残基换成了A和B两个大组，A组有21个，B组有30个，运行pgn之后生成的pdb文件却只有30个残基，是由A组和B组的后9个组成 ...

多条chain 的蛋白, 需要每条拆分成一个pdb, 然后分别建立segment的
可以查阅一下namd ug 的使用说明, 在第四章
赞一下(1人) 回复此楼
194楼2012-06-05 08:27:09
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