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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼2009-05-02 11:11:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-08 11:43
引用回帖:
Originally posted by fantastic at 2010-03-07 22:31:26:
谢谢楼主的回复！关键是我用的文件都是教程里面的文件，我是按照教程来做的，还报错，就不明白那个fep文件了！

不要一上来就看tutorial, user's guide 才是基础
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129楼2010-03-08 09:51:51
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-15 11:09
膜厚度的讨论
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid86128

最简单的方法是测量两侧P原子的坐标差
set  p1  [atomselect  top  "lipid  and  name P  and  XXX"]
set  p2  [atomselect  top  "lipid  and  name P  and  YYY"]
set  z1  [lindex  [measure  center  $p1]  2]
set  z2  [lindex  [measure  center  $p2]  2]
XXX 和 YYY 是定义两侧P 的选择条件, 根据实际情况设定, 如z 值或segname
z1 和 z2 之差就是膜厚度
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132楼2010-03-14 18:58:39
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-15 11:10
z1和z2 是两侧P原子COM的z坐标
因为表面张力的原因, 膜会倾向于平行某个边界
但两侧P原子COM的x,y坐标无关紧要
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136楼2010-03-14 21:29:56
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-15 11:10
COM指center of masses
按时间更新有两种方法, 在atomselect 的使用方式上
bigdcd 也不错,这个针对轨迹太大不能放入内存的情形

先通一遍vmd-tutorial吧
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138楼2010-03-15 08:56:58
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-24 10:37
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-03-19 20:30:14:
计算RMSD的脚本中
for {set i 1 } {$i < $nf } { incr i } {
    set sel [atomselect top "protein and backbone and noh" frame $i]
    set all [atomselect top all frame $i]
    $all mov ...

这步不可以省略
蛋白质在run 的过程中会发生平移和旋转, 这些运动不影响结构变化
这句就是扣除这两种运动方式
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141楼2010-03-19 21:45:49
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-24 10:37
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-03-23 23:40:57:
Bay兄好，我在进行一个含有NAD的脱氢酶的分子动力学模拟，利用VMD进行PSF文件的准备，整个过程是这样的，利用Pymol加氢，在TOP文件中除了默认的那个之外还加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str,加水盒，再写NAMD的C ...

最可能是par 文件有问题,也可能是构形的问题
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144楼2010-03-24 08:48:25
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-26 09:07
可以把力放在xyz列中,这个pdb文件就是存储力而不是坐标的了
如果给每个水(OH2)施加+z 方向的0.02大小的力
$all  set  {x y z}  {0 0 0}
$wat  set  {x y z}  {0 0 0.02}

如果要做跨膜传输, 记得膜中的水不要加力
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147楼2010-03-25 20:14:26
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-26 09:07
分子模拟文集:膜蛋白的MD模拟

至于蛋白晶体结构中的水是否要删除,这个看情况.那些不可或缺的水在晶体中往往起着桥连的作用,删除后外部的水再次进入需要一定时间,蛋白在这段时间可能会发生变形.而如前所述,蛋白在膜中和晶体中的结构往往不同,如果在膜中的结构不需要那些水,则应该删除.如果不能确定可以按照前者的建议,但此时还需注意水的segname.
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149楼2010-03-25 22:25:42
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-29 10:29
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-03-27 17:06:37:
我在分子模拟论坛上找了一遍，没看到有关于给原子加力的帖子，
请问前辈给个链接呗

mdbbs 我整理过一个教程
http://www.mdbbs.org/thread-13129-1-1.html
UIUC也有两个
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/forces/
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/nanotubes/
我们的课题有点类似, 你留个qq
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152楼2010-03-27 17:46:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-29 12:55
1. 蛋白中的C-α ，指的是什么？
alpha C原子

2. PDB文件中的occupancy（占有率），是什么意思？
含义http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=17565&page=1#pid91586
作用http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=7956&page=1#pid55489

3. patch具体指什么？
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=10227
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155楼2010-03-29 11:59:13
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