应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
515/1返回列表
查看: 11893  |  回复: 210
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

bay__gulf

版主

刘苏州

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-05-02 11:11:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

实习版主

刘苏州

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-26 09:07
分子模拟文集:膜蛋白的MD模拟

至于蛋白晶体结构中的水是否要删除,这个看情况.那些不可或缺的水在晶体中往往起着桥连的作用,删除后外部的水再次进入需要一定时间,蛋白在这段时间可能会发生变形.而如前所述,蛋白在膜中和晶体中的结构往往不同,如果在膜中的结构不需要那些水,则应该删除.如果不能确定可以按照前者的建议,但此时还需注意水的segname.
赞一下(1人) 回复此楼
149楼2010-03-25 22:25:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 211 个回答

xpyp

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
占个沙发先！

不知到NAMD对小分子与酶复合物的模拟能不能做？

【已解决，答案见 3 楼】

[ Last edited by xpyp on 2009-5-2 at 23:59 ]
赞一下 回复此楼
2楼2009-05-02 11:58:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

管理员

刘苏州

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
【回2楼】
可以，比如下面这篇文献

Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ]
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-05-02 13:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
刚接触NAMD，对于spherical boundary condition比较感兴趣，请问NAMD的spherical boundary condition是如何运作的？和一般的xyz periodic boundary condition有什么不同？可以使用Ewarld summation或PME来计算长程库仑力吗？

谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2009-05-02 13:45:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 211 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +6 双马尾痞老板2 2026-04-01 6/300 2026-04-01 23:33 by chaolymer
[考研] 一志愿北京科技，085601总分305求调剂 +9 半生瓜！ 2026-04-01 10/500 2026-04-01 23:33 by 半生瓜！
[考研] 311求调剂 +13 zchqwer 2026-04-01 15/750 2026-04-01 22:30 by 2026材料调剂
[考研] 材料求调剂 +7 呢呢妮妮 2026-04-01 7/350 2026-04-01 22:26 by lemonade0702
[考研] 材料专硕322分 +10 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 10/500 2026-04-01 22:19 by Dyhoer
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 22:04 by 客尔美德
[考研] 求调剂推荐 材料 304 +21 荷包蛋hyj 2026-03-26 21/1050 2026-04-01 21:09 by lijunpoly
[考研] 085601材料工程找调剂 +20 oatmealR 2026-03-29 21/1050 2026-04-01 21:00 by lijunpoly
[考研] 材料专硕调剂 +17 椰椰。 2026-03-29 17/850 2026-04-01 20:44 by cq2548
[论文投稿] chinese chemical letters英文版投稿求助 120+4 Yishengeryi 2026-03-30 5/250 2026-04-01 14:11 by 陆小果画大饼
[考博] 26申博 +4 加油冲啊！ 2026-03-26 4/200 2026-03-31 22:42 by greychen00
[考研] 085602 307分 求调剂 +10 不知道叫什么！ 2026-03-26 10/500 2026-03-31 19:53 by Dyhoer
[考研] 求调剂 +8 11ggg 2026-03-30 8/400 2026-03-31 13:56 by nanaliuyun
[考研] 286求调剂 +5 丢掉懒惰 2026-03-27 8/400 2026-03-31 11:27 by Delta2012
[考研] 085602化工求调剂（331分） +8 111@127 2026-03-30 8/400 2026-03-30 21:23 by 研究僧导导
[考研] 303求调剂 +7 DLkz1314. 2026-03-30 7/350 2026-03-30 21:07 by peike
[考研] 343求调剂085601 +3 要努力学习x 2026-03-29 3/150 2026-03-29 18:35 by wxiongid
[考研] 材料求调剂一志愿哈工大324 +7 闫旭东 2026-03-28 9/450 2026-03-28 08:51 by Xu de nuo
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 打过很多竞赛，085406控制工程300分，求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭