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bay__gulf金虫 (著名写手)
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bay__gulf
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zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢！ 12-25 16:42
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| 我整理了一份paratool 的中文指南，在http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 的第21-23楼 |
82楼2009-09-20 10:24:50
bay__gulf
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gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:07
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:43
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amber 力场用于处理核酸，charmm力场用于处理蛋白质，这个算是个"潜规则"吧，但不是绝对要遵循的。 amber的形式同charmm 还有些不同，bionano例中应该是在charmm 的形式上借用了amber的参数。那个impr 的确有问题，需要手工修改。作者可能修改过了，在大多数的psf 文件开头都有 REMARKS topology cornell.rtf ，可惜这个神秘的cornell.rtf 没有在例中出现。 一套力场参数是经过反复拟合得到的，不同力场间的参数并不是完全通用。而charmm力场是namd 的原生力场，支持最好，且charmm 中同样有全套的核酸的力场参数，可以用这个。 amber 用在namd 中要经过比较复杂的设置。 http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html [ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 12:39 ] |
85楼2009-09-24 12:38:29
bay__gulf
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87楼2009-09-24 14:51:24
bay__gulf
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89楼2009-09-26 10:16:58
bay__gulf
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91楼2009-09-26 15:34:25
bay__gulf
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回92 你好，我对gmx 不太熟悉，你的问题可以到 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1082439 中发帖 |
93楼2009-09-29 16:44:13
bay__gulf
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ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24 应该是个段位的核苷, 核糖上面的氧不是同下一个P相连而是同H或别的什么相连 需要对这个基团用patch 3TER ,可能是这个 no residue X of segment G4 这个错误出自patch DEO2 G4:X, 此处的X 是指残基在链上的序号,resid,一个整数 关于psfgen 中patch 的用法可以参考 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=10227 |
96楼2009-10-11 13:39:30
bay__gulf
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 11-3 20:59
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你做的完全正确 wrapAll 可以把跑出盒子的分子从另一端进入, 使得整个体系都在一个盒子中. 但为了分子的完整, 这个功能针对的是分子的中心而不是单个原子. 你也应该注意到,模拟完成后所有的水分子都是完整的,没有一个跨越了PBC. measure minmax 测量的是体系中最大和最小的坐标, 如果某个原子超出PBC, 但整个分子中心还在PBC里面, 那这个超出PBC的值可能会赋给minmax(也可能是更外侧的), 所以你的结果应该比盒子中的略大些, 体积计算用xst 文件的数据. [ Last edited by bay__gulf on 2009-10-25 at 22:09 ] |
98楼2009-10-25 21:48:49
bay__gulf
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100楼2009-10-26 09:46:33
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102楼2009-11-04 10:02:23