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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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bay__gulf

版主

刘苏州

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼 2009-05-02 11:11:38
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bay__gulf

兑换贵宾

刘苏州

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★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢！ 12-25 16:42
我整理了一份paratool 的中文指南，在http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 的第21-23楼
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82楼2009-09-20 10:24:50
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bay__gulf

超级版主

刘苏州

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:07
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:43
amber 力场用于处理核酸，charmm力场用于处理蛋白质，这个算是个"潜规则"吧，但不是绝对要遵循的。

amber的形式同charmm 还有些不同，bionano例中应该是在charmm 的形式上借用了amber的参数。那个impr 的确有问题，需要手工修改。作者可能修改过了，在大多数的psf 文件开头都有 REMARKS topology cornell.rtf ，可惜这个神秘的cornell.rtf 没有在例中出现。

一套力场参数是经过反复拟合得到的，不同力场间的参数并不是完全通用。而charmm力场是namd 的原生力场，支持最好，且charmm 中同样有全套的核酸的力场参数，可以用这个。

amber 用在namd 中要经过比较复杂的设置。
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html

[ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 12:39 ]
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85楼2009-09-24 12:38:29
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bay__gulf

兑换贵宾

刘苏州

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★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:07
你可以改改看，或是问问bionano的作者那个cornell.rtf 文件长得啥样子，
其实用charmm的核酸力场也不错。

还有，阁下是不是姓何

[ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 15:33 ]
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87楼2009-09-24 14:51:24
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bay__gulf

专家顾问

刘苏州

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★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:07
measure avpos 和measure sasa可以分别完成你的要求
参考ug107和109页，很清楚的。
我在这里再怎么表述也不会比ug更清楚。
atomselect 中有一个keyword:polar，不知道能否判断极性。
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89楼2009-09-26 10:16:58
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bay__gulf

主管区长

刘苏州

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★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-29 16:07
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-9-26 14:55:

Thank you very much. 版主动作真快，辛苦了

偶尔碰到就解答了，提到的ug 是1.8.7版本的。
我在mdbbs上是namd和vmd版的版主，在这里只是负责这一个帖子，不是版主。
现在也没有篡位的打算。
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91楼2009-09-26 15:34:25
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bay__gulf

实习版主

刘苏州

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★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-13 14:26
回92
你好，我对gmx 不太熟悉，你的问题可以到
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1082439 中发帖
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93楼2009-09-29 16:44:13
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bay__gulf

兑换贵宾

刘苏州

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★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 10-13 14:27
ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24
应该是个段位的核苷, 核糖上面的氧不是同下一个P相连而是同H或别的什么相连
需要对这个基团用patch 3TER ,可能是这个

no residue X of segment G4
这个错误出自patch DEO2 G4:X,
此处的X 是指残基在链上的序号,resid,一个整数

关于psfgen 中patch 的用法可以参考
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=10227
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96楼2009-10-11 13:39:30
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bay__gulf

兑换贵宾

刘苏州

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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 11-3 20:59
你做的完全正确
wrapAll 可以把跑出盒子的分子从另一端进入, 使得整个体系都在一个盒子中.
但为了分子的完整, 这个功能针对的是分子的中心而不是单个原子.
你也应该注意到,模拟完成后所有的水分子都是完整的,没有一个跨越了PBC.

measure minmax 测量的是体系中最大和最小的坐标,
如果某个原子超出PBC, 但整个分子中心还在PBC里面, 那这个超出PBC的值可能会赋给minmax(也可能是更外侧的), 所以你的结果应该比盒子中的略大些, 体积计算用xst 文件的数据.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-10-25 at 22:09 ]
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98楼2009-10-25 21:48:49
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bay__gulf

兑换贵宾

刘苏州

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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-3 20:59
可能是吧, 没有测试过,
ug 上面也是只说part of a molecule
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100楼2009-10-26 09:46:33
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bay__gulf

超级版主

刘苏州

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★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-4 16:17
可能是两个文件的segname和resid重复了吧,W1:1分别指的就是这两项
改个segname试试看
这种情况最好重新做pdb文件,在psfgen,否则segname 很乱,后期处理较麻烦
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102楼2009-11-04 10:02:23
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