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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
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gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:07
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:43
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zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:43
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amber 力场用于处理核酸，charmm力场用于处理蛋白质，这个算是个"潜规则"吧，但不是绝对要遵循的。 amber的形式同charmm 还有些不同，bionano例中应该是在charmm 的形式上借用了amber的参数。那个impr 的确有问题，需要手工修改。作者可能修改过了，在大多数的psf 文件开头都有 REMARKS topology cornell.rtf ，可惜这个神秘的cornell.rtf 没有在例中出现。 一套力场参数是经过反复拟合得到的，不同力场间的参数并不是完全通用。而charmm力场是namd 的原生力场，支持最好，且charmm 中同样有全套的核酸的力场参数，可以用这个。 amber 用在namd 中要经过比较复杂的设置。 http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html [ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 12:39 ] |
85楼2009-09-24 12:38:29
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
