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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼2009-05-02 11:11:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-30 08:55
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-03-29 19:32:57:
patch中的N-terminus，为什么是-NH3呢，正常不应该是-NH2吗？
怎么多添加一个H呢？

[ Last edited by 200472027 on 2010-3-29 at 12:58 ]

水中是-NH3,
输水介质,如膜内,蛋白质内部,是-NH2
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157楼2010-03-29 20:10:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-30 17:04
正常的CTER是下面的样子
PRES CTER        -1.00    ! standard C-terminus
GROUP                         !  use in generate statement
ATOM C    CC      0.34    !   OT2(-)
ATOM OT1  OC     -0.67 !  /
ATOM OT2  OC     -0.67 ! -C
DELETE ATOM O           !  \\
BOND C OT2                 !   OT1
DOUBLE  C OT1
IMPR C CA OT2 OT1

减号指前一个残基上的C
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159楼2010-03-30 09:10:47
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-01 16:16
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-03-31 16:28:30:
对于上面我的那个问题，我差了一下，看我的理解对不对：
dihedral用于4个首尾相连的原子，
improper用于一个原子分别与三个原子相连的情况

dihedral用于4个首尾相连的原子，
是的

improper用于一个原子分别与三个原子相连的情况
不一定,
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162楼2010-04-01 13:48:48
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-15 19:54
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-14 19:33:39:
bay兄好，我看文献里经常有先束缚骨架碳原子，进行模拟M秒，之后再解束缚，模拟N秒，那么我想请问一下，之前对骨架碳原子束缚是否是必要的？如果是必要的起作用是什么？维持结构的相对稳定？之后所有原子的自由运 ...

参考 膜蛋白的MD模拟 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 第8楼
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166楼2010-04-14 19:48:44
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bay__gulf

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刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-27 16:22
引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2010-04-27 11:02:55:
bay__gulf 专家你好：对于VMD以前没有用过
它可以生成比较漂亮的分子轨道图，据说这里面有一些转化的技巧，能不能指点一下，如何得到分子轨道图，经过什么样的技巧 谢谢了哈

的确可以, 参考 http://www.mdbbs.org/thread-20583-1-1.html
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171楼2010-04-27 11:34:14
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bay__gulf

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刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-04-28 20:37
引用回帖:
Originally posted by wanghuan7197 at 2010-04-28 15:38:57:
楼主，想问一下，我在genion命令加离子时要加入Br-，可是按照加Cl-的方法 加入时，怎么都过不去，因为在下一步grompp时出现错误，说Fatal error:No such moleculetype BR-
没有原子类型，是不是要在top中引用
的 ...

本贴是namd 答疑帖, 很少讨论gmx
Br- 可能在gmx的力场中不存在, 需要手工加上
很可惜我手头没有Br- 的力场参数
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173楼2010-04-28 17:37:59
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bay__gulf

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★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-29 08:57
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-28 19:30:19:
Bay兄，我在进行模拟时用双核并行计算，刚开始的时候速度比较快，但是越到后面每一步所需时间逐渐变长，请问这样的现象正常吗？如果不正常，可能的原因是什么呢？

我最近也遇到类似的问题, 某台(双胞胎机)机器(都是)全空下来后再跑任务, 但速度差别很大. 有时候一个任务速度也会忽快忽慢, 其他机器没有这个问题. 正在找原因
你能介绍一下你的机器配置吗
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175楼2010-04-28 22:00:49
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2011-01-25 16:25:26:
我想做个给蛋白质升温的模拟，查看它构象变化，请问conf文件里要设置什么参数，怎么设置？有没有相关文献呢？

参考
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid93279
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180楼2011-01-25 19:11:14
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bay__gulf

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刘苏州
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-05 20:51:32
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2011-01-29 13:16:19:
请问一下，怎么查看蛋白质的静电荷是否为0？NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性？离子放入的位置怎么确定？

请移步 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2479468
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182楼2011-01-29 18:27:14
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bay__gulf

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刘苏州
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-07-18 19:30:47
引用回帖:
Originally posted by cat78323 at 2011-07-18 16:33:46:
請問Membrane protein tutorial中的buildpsf.tcl文件是如何產生的？？

就是psfgen 的操作流程，把它整成一个文件而已。
可以在UIUC网站下载 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/membrane/
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185楼2011-07-18 16:49:03
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