| 查看: 11890 | 回复: 210 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
bay__gulf超级版主
刘苏州
|
[交流]
【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
|
|
回复此楼
bay__gulf
版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-15 21:41
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-15 21:41
|
【回60】 amber 和charmm 在力场形式上非常相似，也是ascii 编码， 但原子类型的名称和文件格式有很大差异。 我对namd 使用amber 不太熟悉，好像输入文件有一个与处理过程 可以参考下面的一个精华帖子：http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html (在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法) |
61楼2009-08-31 14:18:01
bay__gulf
专家顾问
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+8,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
gwdavid(金币+8,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
|
文中使用的 NCSA-DISCO 我没有听说过， 可能是那个年代太早，很多现在习以为常的方法还没有出现吧， charmm，MMFF等等那时还没有，gaissuan 也是92年才有成熟。 quantum mechanics 计算某个键的力场参数不算是难事。 改变某一自由度的数值，固定其它的量，得到energy profile， 就能拟合得到一个力场表达式了。 实现这个并不需要菜单， 那时候有计算机都是奢侈的，应该不会吧有限资源浪费在GUI 上面。 遥想IBM 当年，应该还用OS/2 吧。 文献处理了二面角的，方程2中的Φ 就是二面角， 处理方法和上面提到的一样，和spartan 没有关系。 如果力场中有些参数不存在，要用QM 计算 但一套力场的建立不是单纯的计算若干分子中的参数 而是对所有的参数放在一起进行拟合，得到相互关联的一整套 这些可能某一个同单独计算相差很大 但系统地看来，正负误差回抵消 这时，用QM 计算得到的或其它力场中的参数放过来并不一定适用 还有一个问题是，像charmm，amber 等力场，都是针对有机小分子生化分子建立的 对金属，那些力场的形式可能就不适用 针对金属有另一套的势函数，如EAM等，COMPASS 力场也可以处理金属 你可以关注一下这些 新手入门，上述评论仅作参考 |
65楼2009-09-01 18:47:26
bay__gulf
实习版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
67楼2009-09-04 16:30:17
bay__gulf
主管区长
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
69楼2009-09-04 18:49:29
bay__gulf
专家顾问
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
71楼2009-09-05 19:01:32
bay__gulf
实习版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+5,VIP+0):牛！ 9-15 21:38
gwdavid(金币+5,VIP+0):牛！ 9-15 21:38
|
vmd 远非能看到的那些菜单那么简单，可以点点鼠标就能完成。它内嵌有一个tcl 语言的解释器，可以用流程控制的方式完成几乎所有操作，这是vmd 的精华。 对于你的问题，如果文件按顺序为foo1.xyz, foo2.xyz, ... foo200.xyz，可以编写如下脚本 for { set i 1 } {$i <= 200 } {incr i} { set molid [ mol load xyz foo$i.xyz ] render snapshot foo$i.bmp mol delete $molid } 这样就可以批量生成foo1.bmp, ..., foo200.bmp 文件了 再用视频编辑程序把bmp 做成视频就可以了 你先试一下上面的， 视角，颜色，分辨率等也可以在脚本中指定，这可以在视频做出来后再添加 我也常去mdbbs ，用的就是那个用户名，在那里复杂namd 和vmd 这一块 |
73楼2009-09-08 18:50:40
bay__gulf
主管区长
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
74楼2009-09-08 18:54:09
bay__gulf
超级版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
76楼2009-09-11 14:39:14
bay__gulf
兑换贵宾
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢 9-15 21:39
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢 9-15 21:39
|
钾离子在top/par_all27_na 中就有，resi 名称POT 不清楚具体是什么配体，你到stream 文件夹中找找看， 没有的话，可以用 http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 的方法自己构造或是换用amber 力场 http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html |
78楼2009-09-11 17:30:17
bay__gulf
主管区长
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢！ 12-25 16:42
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢！ 12-25 16:42
|
那一个帮助页上面有个Paratool's user guide 的链接 http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... ool/usersguide.html |
81楼2009-09-18 21:19:13
