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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
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gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-15 21:41
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【回60】 amber 和charmm 在力场形式上非常相似，也是ascii 编码， 但原子类型的名称和文件格式有很大差异。 我对namd 使用amber 不太熟悉，好像输入文件有一个与处理过程 可以参考下面的一个精华帖子：http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html (在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法) |
61楼2009-08-31 14:18:01
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
