| 查看: 12019 | 回复: 210 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
|
[交流]
【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
|
||
回复此楼
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+8,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
gwdavid(金币+8,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
|
文中使用的 NCSA-DISCO 我没有听说过， 可能是那个年代太早，很多现在习以为常的方法还没有出现吧， charmm，MMFF等等那时还没有，gaissuan 也是92年才有成熟。 quantum mechanics 计算某个键的力场参数不算是难事。 改变某一自由度的数值，固定其它的量，得到energy profile， 就能拟合得到一个力场表达式了。 实现这个并不需要菜单， 那时候有计算机都是奢侈的，应该不会吧有限资源浪费在GUI 上面。 遥想IBM 当年，应该还用OS/2 吧。 文献处理了二面角的，方程2中的Φ 就是二面角， 处理方法和上面提到的一样，和spartan 没有关系。 如果力场中有些参数不存在，要用QM 计算 但一套力场的建立不是单纯的计算若干分子中的参数 而是对所有的参数放在一起进行拟合，得到相互关联的一整套 这些可能某一个同单独计算相差很大 但系统地看来，正负误差回抵消 这时，用QM 计算得到的或其它力场中的参数放过来并不一定适用 还有一个问题是，像charmm，amber 等力场，都是针对有机小分子生化分子建立的 对金属，那些力场的形式可能就不适用 针对金属有另一套的势函数，如EAM等，COMPASS 力场也可以处理金属 你可以关注一下这些 新手入门，上述评论仅作参考 |
65楼2009-09-01 18:47:26
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
|
【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
