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bay__gulf管理员
刘苏州
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【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
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bay__gulf
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回【20】 你已经安装成功， 那个错误 No simulation config file specified on command lin，是说没有指定conf 文件。 namd 运行时候，所有的参数，比如温度，压力，步长，总时间等都要在conf 文件中指定。pdb/psf 文件存储分子构型，这2个文件也要在conf 文件中指定。你只是输入namd，它怎么会知道这些参数呢。namd 运行时候没有图形界面，要适应一下哦。 至于会写psf 和 conf文件了，你就学会NAMD 了。 这个要花几个月时间，不是看几个帖子能做到的。 我在这个帖子1楼列出几个链接，里面东西很多，可以下载一些看看。 [ Last edited by bay__gulf on 2009-7-1 at 14:25 ] |
21楼2009-07-01 14:23:14
bay__gulf
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23楼2009-07-01 16:11:29
bay__gulf
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回【24】 那些参数不是用某个程序就能得到的。 可以到 http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 下载。 |
25楼2009-07-03 16:26:12
bay__gulf
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27楼2009-07-07 17:26:47
bay__gulf
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29楼2009-07-16 12:10:25
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【回30】 你的思路非常正确，最大的问题是力场参数。 namd软件或是charmm力场做固体也大都是一些非金属材料形成的原子晶体。 看到过关于DNA穿越纳米孔道的也只是Si 的化合物，如Si3N4, SiO2 等，几乎没有看到过纯金属的。 charmm 中有一些金属的力场，那些全都是水化金属离子的。金属单质的势函数极为复杂，可能charmm 力场本身就表达不了。更不要说金属同有机物的相互作用了。 做金属单质的有不少用lammps 的，你可以关注一下 [ Last edited by bay__gulf on 2009-7-16 at 15:11 ] |
31楼2009-07-16 15:05:11
bay__gulf
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1 UFF 是求全型力场，几乎可以计算任何体系，但精度很差。 charmm 力场只包含键、角、二面角、交叉项(限制肽平面)、vdW 和静电力，这么力场形式可能太简单处理不了金属单质。 只是建议，我没有做过这些，你可以按自己的思路试一下。 2 可以，分别制作电极和DNA的pdb/psf，然后在psfgen 里面就能合并在一起 3 对于单个原子的，像水溶液中的离子，都是每个原子一个residue 的。 如果你用charmm形式的力场，可以每个residue 只有一个原子，这样top 文件就好写了。 你的很大的一个问题是力场。即要精确可信，又要兼容namd。剩下的问题，比如如何写top 文件等，都要等到力场确定后才能考虑。 |
33楼2009-07-19 20:50:49
bay__gulf
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找到一篇处理金-蛋白的文献，有vdW力和静电力的处理方法， http://www.ks.uiuc.edu/Research/gbp/ or Rosemary Braun, Mehmet Sarikaya, and Klaus Schulten. Genetically engineered gold-binding polypeptides: Structure prediction and molecular dynamics. Journal of Biomaterials Science, 13:747-758, 2002. 不过他们用的是一个很大的金板， 如果你是针尖的话可能要变通一下才能用 |
34楼2009-07-21 08:48:16
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36楼2009-07-26 11:26:41
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39楼2009-08-02 19:06:34
