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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-20 09:22
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-20 09:22
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【回30】 你的思路非常正确，最大的问题是力场参数。 namd软件或是charmm力场做固体也大都是一些非金属材料形成的原子晶体。 看到过关于DNA穿越纳米孔道的也只是Si 的化合物，如Si3N4, SiO2 等，几乎没有看到过纯金属的。 charmm 中有一些金属的力场，那些全都是水化金属离子的。金属单质的势函数极为复杂，可能charmm 力场本身就表达不了。更不要说金属同有机物的相互作用了。 做金属单质的有不少用lammps 的，你可以关注一下 [ Last edited by bay__gulf on 2009-7-16 at 15:11 ] |
31楼2009-07-16 15:05:11
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
