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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-20 09:23
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-20 09:23
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1 UFF 是求全型力场，几乎可以计算任何体系，但精度很差。 charmm 力场只包含键、角、二面角、交叉项(限制肽平面)、vdW 和静电力，这么力场形式可能太简单处理不了金属单质。 只是建议，我没有做过这些，你可以按自己的思路试一下。 2 可以，分别制作电极和DNA的pdb/psf，然后在psfgen 里面就能合并在一起 3 对于单个原子的，像水溶液中的离子，都是每个原子一个residue 的。 如果你用charmm形式的力场，可以每个residue 只有一个原子，这样top 文件就好写了。 你的很大的一个问题是力场。即要精确可信，又要兼容namd。剩下的问题，比如如何写top 文件等，都要等到力场确定后才能考虑。 |
33楼2009-07-19 20:50:49
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
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