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bay__gulf金虫 (著名写手)
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bay__gulf
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46楼2009-08-17 16:27:16
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[回42] 是linux 版本么，可能缺libstdc++.so.5 这个文件。 你需要描述更清楚些 更多问题可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-15650-1-1.html |
47楼2009-08-17 16:32:03
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48楼2009-08-17 16:34:19
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49楼2009-08-17 16:35:24
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50楼2009-08-17 16:36:41
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51楼2009-08-17 16:38:36
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53楼2009-08-22 17:01:47
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57楼2009-08-30 18:02:32
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-30 20:06
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【回55】 力场的普适性问题是整个的MD 的通症。 namd 兼容最好的是charmm 力场，但这个力场主要是针对生物体系，很多参数它没有。 如果仅仅需要补充几个键角二面角的话，可以用量化的方法计算。教程里面用Spartan算过振动，但并没有把那个结果放到力场中去，而是算了一个二面角。振动分析得到的简正模式同力场中的参数没有简单关联，至少我没有找到关联。 如果有大量的参数缺失，还是建议换用其它力场吧，比如amber。 更多细节可以参考这两个帖子 http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html |
58楼2009-08-30 18:09:12
bay__gulf
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59楼2009-08-30 18:15:34