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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼2009-05-02 11:11:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
[回40]
可以用 Linux-Itanium-Altix 版本
namd2 及其他相关文件需要放到系统的PATH 中或使用绝对路径
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46楼2009-08-17 16:27:16
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
[回42]
是linux 版本么，可能缺libstdc++.so.5 这个文件。
你需要描述更清楚些
更多问题可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-15650-1-1.html
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47楼2009-08-17 16:32:03
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
[回43]
CAN'T FIND CROSSTERM PARAMETERS FOR C  NH1  CT1  C  NH1  CT1  C  NH1
有一个CMAP 参数没有找到，可以修改参数文件加入这个参数，或是在psf 文件这删除这个参数。
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48楼2009-08-17 16:34:19
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
【回44】
可以用psfgen中的delatom 和addatom 修改，也可以直接修改pdb 文件
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49楼2009-08-17 16:35:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
【回45】
* 购买或找个破解版的 videomach
* 使用其他工具，比如bmp2avi 等
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50楼2009-08-17 16:36:41
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):仍然谢谢 8-20 20:42
暑假在家，上网不方便
很多问题没有及时&详细解答
可能在月底才能恢复，深深抱歉
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51楼2009-08-17 16:38:36
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-30 20:05
[回52]
可以设置一个representation，用灵活的selection 和显眼的draw style 显示这个院子
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53楼2009-08-22 17:01:47
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
【回54】
不客气
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57楼2009-08-30 18:02:32
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-30 20:06
【回55】
力场的普适性问题是整个的MD 的通症。
namd 兼容最好的是charmm 力场，但这个力场主要是针对生物体系，很多参数它没有。

如果仅仅需要补充几个键角二面角的话，可以用量化的方法计算。教程里面用Spartan算过振动，但并没有把那个结果放到力场中去，而是算了一个二面角。振动分析得到的简正模式同力场中的参数没有简单关联，至少我没有找到关联。

如果有大量的参数缺失，还是建议换用其它力场吧，比如amber。

更多细节可以参考这两个帖子
http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html
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58楼2009-08-30 18:09:12
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-30 20:07
【回56】
是label 中的么，窗口第3个标签可以设置文字的大小。
但好像不能彻底去除，我再试试看吧
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59楼2009-08-30 18:15:34
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