| 查看: 11890 | 回复: 210 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
bay__gulf专家顾问
刘苏州
|
[交流]
【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
|
|
回复此楼
bay__gulf
版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
46楼2009-08-17 16:27:16
bay__gulf
超级版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
|
[回42] 是linux 版本么，可能缺libstdc++.so.5 这个文件。 你需要描述更清楚些 更多问题可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-15650-1-1.html |
47楼2009-08-17 16:32:03
bay__gulf
超级版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
48楼2009-08-17 16:34:19
bay__gulf
超级版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
49楼2009-08-17 16:35:24
bay__gulf
主管区长
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
50楼2009-08-17 16:36:41
bay__gulf
超级版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
51楼2009-08-17 16:38:36
bay__gulf
版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
53楼2009-08-22 17:01:47
bay__gulf
专家顾问
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
57楼2009-08-30 18:02:32
bay__gulf
管理员
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-30 20:06
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-30 20:06
|
【回55】 力场的普适性问题是整个的MD 的通症。 namd 兼容最好的是charmm 力场，但这个力场主要是针对生物体系，很多参数它没有。 如果仅仅需要补充几个键角二面角的话，可以用量化的方法计算。教程里面用Spartan算过振动，但并没有把那个结果放到力场中去，而是算了一个二面角。振动分析得到的简正模式同力场中的参数没有简单关联，至少我没有找到关联。 如果有大量的参数缺失，还是建议换用其它力场吧，比如amber。 更多细节可以参考这两个帖子 http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html |
58楼2009-08-30 18:09:12
bay__gulf
实习版主
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
59楼2009-08-30 18:15:34
