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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-30 20:06
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-30 20:06
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【回55】 力场的普适性问题是整个的MD 的通症。 namd 兼容最好的是charmm 力场，但这个力场主要是针对生物体系，很多参数它没有。 如果仅仅需要补充几个键角二面角的话，可以用量化的方法计算。教程里面用Spartan算过振动，但并没有把那个结果放到力场中去，而是算了一个二面角。振动分析得到的简正模式同力场中的参数没有简单关联，至少我没有找到关联。 如果有大量的参数缺失，还是建议换用其它力场吧，比如amber。 更多细节可以参考这两个帖子 http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html |
58楼2009-08-30 18:09:12
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
