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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好,这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题,欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意:
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明:【回复__楼】;
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖,在下面附上:【已解决,答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西,一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个,不保证全。有些链接很深,需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ,可以索要,但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档,里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本,或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation,推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ,我还没有看,谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials,那些pdf 和代码,常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-21 10:47
找到一篇处理金-蛋白的文献,有vdW力和静电力的处理方法,
http://www.ks.uiuc.edu/Research/gbp/  or
Rosemary Braun, Mehmet Sarikaya, and Klaus Schulten.
Genetically engineered gold-binding polypeptides:
Structure prediction and molecular dynamics.
Journal of Biomaterials Science, 13:747-758, 2002.

不过他们用的是一个很大的金板,
如果你是针尖的话可能要变通一下才能用
34楼2009-07-21 08:48:16
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xpyp

木虫 (小有名气)

占个沙发先!

不知到NAMD对小分子与酶复合物的模拟能不能做?

【已解决,答案见 3 楼】

[ Last edited by xpyp on 2009-5-2 at 23:59 ]
2楼2009-05-02 11:58:42
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
【回2楼】
可以,比如下面这篇文献

Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ]
3楼2009-05-02 13:13:06
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recoli

金虫 (正式写手)

刚接触NAMD,对于spherical boundary condition比较感兴趣,请问NAMD的spherical boundary condition是如何运作的?和一般的xyz periodic boundary condition有什么不同?可以使用Ewarld summation或PME来计算长程库仑力吗?

谢谢!
4楼2009-05-02 13:45:28
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