应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
58/1返回列表
查看: 11841  |  回复: 210
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-05-02 11:11:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢 9-15 21:39
钾离子在top/par_all27_na 中就有，resi 名称POT
不清楚具体是什么配体，你到stream 文件夹中找找看，
没有的话，可以用
http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html
的方法自己构造或是换用amber 力场
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html
赞一下(10人) 回复此楼
78楼2009-09-11 17:30:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 211 个回答

xpyp

木虫 (小有名气)
占个沙发先！

不知到NAMD对小分子与酶复合物的模拟能不能做？

【已解决，答案见 3 楼】

[ Last edited by xpyp on 2009-5-2 at 23:59 ]
赞一下 回复此楼
2楼2009-05-02 11:58:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
【回2楼】
可以，比如下面这篇文献

Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ]
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-05-02 13:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
刚接触NAMD，对于spherical boundary condition比较感兴趣，请问NAMD的spherical boundary condition是如何运作的？和一般的xyz periodic boundary condition有什么不同？可以使用Ewarld summation或PME来计算长程库仑力吗？

谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2009-05-02 13:45:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 211 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 4/200 2026-03-22 10:25 by QGZDSYS
[考研] 生物学071000 329分求调剂 +4 我爱生物生物爱� 2026-03-17 4/200 2026-03-22 08:34 by hxsm
[考研] 299求调剂 +5 shxchem 2026-03-20 7/350 2026-03-21 17:09 by ColorlessPI
[基金申请] 学校已经提交到NSFC，还能修改吗？ 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +4 ydfyh 2026-03-17 4/200 2026-03-21 02:20 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 Ma_xt 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕，总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕英一数二306 +7 z1z2z3879 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:48 by JourneyLucky
[考研] 求调剂，一志愿:南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 求调剂一志愿南京航空航天大学289分 +3 @taotao 2026-03-19 3/150 2026-03-20 21:34 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +22 rare12345 2026-03-18 22/1100 2026-03-20 20:39 by zhukairuo
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭