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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 11-3 20:59
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 11-3 20:59
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你做的完全正确 wrapAll 可以把跑出盒子的分子从另一端进入, 使得整个体系都在一个盒子中. 但为了分子的完整, 这个功能针对的是分子的中心而不是单个原子. 你也应该注意到,模拟完成后所有的水分子都是完整的,没有一个跨越了PBC. measure minmax 测量的是体系中最大和最小的坐标, 如果某个原子超出PBC, 但整个分子中心还在PBC里面, 那这个超出PBC的值可能会赋给minmax(也可能是更外侧的), 所以你的结果应该比盒子中的略大些, 体积计算用xst 文件的数据. [ Last edited by bay__gulf on 2009-10-25 at 22:09 ] |
98楼2009-10-25 21:48:49
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
