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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-15 21:41
【回60】
amber 和charmm 在力场形式上非常相似，也是ascii 编码，
但原子类型的名称和文件格式有很大差异。

我对namd 使用amber 不太熟悉，好像输入文件有一个与处理过程
可以参考下面的一个精华帖子：http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html (在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法)
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61楼2009-08-31 14:18:01
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involute

新虫 (初入文坛)

［回61］

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
非常感谢您的解答！

我现在的打算是这样，我希望用quantum chemistry的软件对我的体系直接做ab initio计算，然后从中手工提取molecule mechanics的参数。

但现在有3个问题不清楚：

第一，我查了一下相关的文献，发现被引用最高的是J. A. C. S, vol 115, pp. 9389 (1993)，它是用上面方法做的，但问题是，它没有给出怎么从ab initio计算结果提取molecule mechanics参数的详细说明。是不是说，它默认为这个很简单？比如可以从相关软件的下拉菜单里，直接选中、完成？

第二，仍然是上述文献，它在table III里给出了Kb, Ktheta，但没有给出dihedral和Kdihedral，是不是他用的不是SPARTAN软件，所以没能提取出这两个参数？

第三，我在namd的mailing list里问了，有人解答说，一般是用quantum chemistry计算，然后提取AMBER力场格式的参数。请问，您推荐哪款quantum chemistry软件有这个提取功能？MOPAC？GAMESS？

谢谢！
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62楼2009-09-01 14:53:40
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involute

新虫 (初入文坛)

［回61］

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
非常感谢您的解答！

我现在的打算是这样，我希望用quantum chemistry的软件对我的体系直接做ab initio计算，然后从中手工提取molecule mechanics的参数。

但现在有3个问题不清楚：

第一，我查了一下相关的文献，发现被引用最高的是J. A. C. S, vol 115, pp. 9389 (1993)，它是用上面方法做的，但问题是，它没有给出怎么从ab initio计算结果提取molecule mechanics参数的详细说明。是不是说，它默认为这个很简单？比如可以从相关软件的下拉菜单里，直接选中、完成？

第二，仍然是上述文献，它在table III里给出了Kb, Ktheta，但没有给出dihedral和Kdihedral，是不是他用的不是SPARTAN软件，所以没能提取出这两个参数？

第三，我在namd的mailing list里问了，有人解答说，一般是用quantum chemistry计算，然后提取AMBER力场格式的参数。请问，您推荐哪款quantum chemistry软件有这个提取功能？MOPAC？GAMESS？

谢谢！
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63楼2009-09-01 15:11:01
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involute

新虫 (初入文坛)

［回61］

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不好意思，网络出现错误，同一个帖子被上传了多次。请版主删除多余的。对不起！

[ Last edited by involute on 2009-9-1 at 16:31 ]
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64楼2009-09-01 16:29:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+8,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
文中使用的 NCSA-DISCO 我没有听说过，
可能是那个年代太早，很多现在习以为常的方法还没有出现吧，
charmm，MMFF等等那时还没有，gaissuan 也是92年才有成熟。

quantum mechanics 计算某个键的力场参数不算是难事。
改变某一自由度的数值，固定其它的量，得到energy profile，
就能拟合得到一个力场表达式了。
实现这个并不需要菜单，
那时候有计算机都是奢侈的，应该不会吧有限资源浪费在GUI 上面。
遥想IBM 当年，应该还用OS/2 吧。

文献处理了二面角的，方程2中的Φ 就是二面角，
处理方法和上面提到的一样，和spartan 没有关系。

如果力场中有些参数不存在，要用QM 计算
但一套力场的建立不是单纯的计算若干分子中的参数
而是对所有的参数放在一起进行拟合，得到相互关联的一整套
这些可能某一个同单独计算相差很大
但系统地看来，正负误差回抵消
这时，用QM 计算得到的或其它力场中的参数放过来并不一定适用

还有一个问题是，像charmm，amber 等力场，都是针对有机小分子生化分子建立的
对金属，那些力场的形式可能就不适用
针对金属有另一套的势函数，如EAM等，COMPASS 力场也可以处理金属
你可以关注一下这些

新手入门，上述评论仅作参考
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65楼2009-09-01 18:47:26
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问NAMD 2.7在windows下有什么办法可以并行运算吗？？
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66楼2009-09-04 16:17:14
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
【回66】
好像不能，可能和是个beta 版有关
可以用2.6 版，用linux 版，或是等正式版出来
这个2.7b1 的速度要快2.6 很多
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67楼2009-09-04 16:30:17
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hanlei2539

新虫 (初入文坛)
★
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请教：
vmd安装问题：
我再linux安装vmd，用的是“vmd-1.8.7beta1.bin.LINUX.opengl.tar.gz”
解压之后，执行./configure
不能正常执行，出现configure.options中的东西
请问怎么解决？
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68楼2009-09-04 18:45:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
【回68】
./configure 后面要跟选项的
用下面的试试看
./configure LINUX
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69楼2009-09-04 18:49:29
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hanlei2539

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不可以，那样的话就把configure.options里面的内容删除了，替换成了LINUX
困惑中，希望高手指点
谢谢
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70楼2009-09-05 18:42:03
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