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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-15 21:41
【回60】
amber 和charmm 在力场形式上非常相似,也是ascii 编码,
但原子类型的名称和文件格式有很大差异。

我对namd 使用amber 不太熟悉,好像输入文件有一个与处理过程
可以参考下面的一个精华帖子:http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html (在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法)
61楼2009-08-31 14:18:01
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involute

新虫 (初入文坛)

[回61]


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
非常感谢您的解答!

我现在的打算是这样,我希望用quantum chemistry的软件对我的体系直接做ab initio计算,然后从中手工提取molecule mechanics的参数。

但现在有3个问题不清楚:

第一,我查了一下相关的文献,发现被引用最高的是J. A. C. S, vol 115, pp. 9389 (1993),它是用上面方法做的,但问题是,它没有给出怎么从ab initio计算结果提取molecule mechanics参数的详细说明。是不是说,它默认为这个很简单?比如可以从相关软件的下拉菜单里,直接选中、完成?

第二,仍然是上述文献,它在table III里给出了Kb, Ktheta,但没有给出dihedral和Kdihedral,是不是他用的不是SPARTAN软件,所以没能提取出这两个参数?

第三,我在namd的mailing list里问了,有人解答说,一般是用quantum chemistry计算,然后提取AMBER力场格式的参数。请问,您推荐哪款quantum chemistry软件有这个提取功能?MOPAC?GAMESS?

谢谢!
62楼2009-09-01 14:53:40
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involute

新虫 (初入文坛)

[回61]


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
非常感谢您的解答!

我现在的打算是这样,我希望用quantum chemistry的软件对我的体系直接做ab initio计算,然后从中手工提取molecule mechanics的参数。

但现在有3个问题不清楚:

第一,我查了一下相关的文献,发现被引用最高的是J. A. C. S, vol 115, pp. 9389 (1993),它是用上面方法做的,但问题是,它没有给出怎么从ab initio计算结果提取molecule mechanics参数的详细说明。是不是说,它默认为这个很简单?比如可以从相关软件的下拉菜单里,直接选中、完成?

第二,仍然是上述文献,它在table III里给出了Kb, Ktheta,但没有给出dihedral和Kdihedral,是不是他用的不是SPARTAN软件,所以没能提取出这两个参数?

第三,我在namd的mailing list里问了,有人解答说,一般是用quantum chemistry计算,然后提取AMBER力场格式的参数。请问,您推荐哪款quantum chemistry软件有这个提取功能?MOPAC?GAMESS?

谢谢!
63楼2009-09-01 15:11:01
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involute

新虫 (初入文坛)

[回61]


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
不好意思,网络出现错误,同一个帖子被上传了多次。请版主删除多余的。对不起!

[ Last edited by involute on 2009-9-1 at 16:31 ]
64楼2009-09-01 16:29:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+8,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
文中使用的 NCSA-DISCO 我没有听说过,
可能是那个年代太早,很多现在习以为常的方法还没有出现吧,
charmm,MMFF等等那时还没有,gaissuan 也是92年才有成熟。

quantum mechanics 计算某个键的力场参数不算是难事。
改变某一自由度的数值,固定其它的量,得到energy profile,
就能拟合得到一个力场表达式了。
实现这个并不需要菜单,
那时候有计算机都是奢侈的,应该不会吧有限资源浪费在GUI 上面。
遥想IBM 当年,应该还用OS/2 吧。

文献处理了二面角的,方程2中的Φ 就是二面角,
处理方法和上面提到的一样,和spartan 没有关系。

如果力场中有些参数不存在,要用QM 计算
但一套力场的建立不是单纯的计算若干分子中的参数
而是对所有的参数放在一起进行拟合,得到相互关联的一整套
这些可能某一个同单独计算相差很大
但系统地看来,正负误差回抵消
这时,用QM 计算得到的或其它力场中的参数放过来并不一定适用

还有一个问题是,像charmm,amber 等力场,都是针对有机小分子生化分子建立的
对金属,那些力场的形式可能就不适用
针对金属有另一套的势函数,如EAM等,COMPASS 力场也可以处理金属
你可以关注一下这些

新手入门,上述评论仅作参考
65楼2009-09-01 18:47:26
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arthurii

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问NAMD 2.7在windows下有什么办法可以并行运算吗??
66楼2009-09-04 16:17:14
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
【回66】
好像不能,可能和是个beta 版有关
可以用2.6 版,用linux 版,或是等正式版出来
这个2.7b1 的速度要快2.6 很多
67楼2009-09-04 16:30:17
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hanlei2539

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请教:
vmd安装问题:
我再linux安装vmd,用的是“vmd-1.8.7beta1.bin.LINUX.opengl.tar.gz”
解压之后,执行./configure
不能正常执行,出现configure.options中的东西
请问怎么解决?
68楼2009-09-04 18:45:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢 9-15 21:42
【回68】
./configure 后面要跟选项的
用下面的试试看
./configure LINUX
69楼2009-09-04 18:49:29
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hanlei2539

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
不可以,那样的话就把configure.options里面的内容删除了,替换成了LINUX
困惑中,希望高手指点
谢谢
70楼2009-09-05 18:42:03
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