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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢! 12-25 16:42
那一个帮助页上面有个Paratool's user guide 的链接
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... ool/usersguide.html
81楼2009-09-18 21:19:13
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢! 12-25 16:42
我整理了一份paratool 的中文指南,在http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 的第21-23楼
82楼2009-09-20 10:24:50
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arthurii

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-20 10:24:
我整理了一份paratool 的中文指南,在http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 的第21-23楼

万分感谢!!
83楼2009-09-22 21:57:59
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involute

新虫 (初入文坛)

请教PSF文件中关于IMPHI的写法


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
您好!
     我最近用topology_all27_na.inp生成DNA的PSF文件的时候发现,对于如下的IMPROPER:

    A—B—C
         ▏
        D
     在psf文件的IMPHI行,是写成 B A C D的格式。但我查了一下NAMD关于bionano的一个tutorial,发现它给的sample DNA,对以上结构,采取的写法是 A C B D。
     另外,我查看了一下,这个tutorial里面,PDB和PSF中,atom name,atom type均采取Amber的命名格式,因为它最后计算采取的parameter file是cornell.prm,里面的atom type是AMBER格式的。

     所以,我现在碰到一个问题,直接采取top_all27_na.inp生成的IMPHI,在用cornell.prm参数运行NAMD时,它报错,因为不认识B A C D,所以找不到B A C D的参数。

     我想请教一下,是不是因为top_all27_na.inp采取的是CHARMM格式,而cornell.prm采取的是Amber格式,所以它们对IMPROPER的四个原子排列顺序不一样?

     如果是那样,我个人打算采取的解决方案是,直接修改top_all27_na.inp里面每个residue对IMPR的格式定义,使其跟cornell.prm一致,但我不知道这样会不会有别的意想不到的问题。

     ps:我的专业背景是微电子类,对生物知道的很少。请多多赐教!

    谢谢!
84楼2009-09-24 11:15:41
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢! 9-29 16:07
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流! 12-25 16:43
amber 力场用于处理核酸,charmm力场用于处理蛋白质,这个算是个"潜规则"吧,但不是绝对要遵循的。

amber的形式同charmm 还有些不同,bionano例中应该是在charmm 的形式上借用了amber的参数。那个impr 的确有问题,需要手工修改。作者可能修改过了,在大多数的psf 文件开头都有 REMARKS topology cornell.rtf ,可惜这个神秘的cornell.rtf 没有在例中出现。

一套力场参数是经过反复拟合得到的,不同力场间的参数并不是完全通用。而charmm力场是namd 的原生力场,支持最好,且charmm 中同样有全套的核酸的力场参数,可以用这个。

amber 用在namd 中要经过比较复杂的设置。
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html

[ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 12:39 ]
85楼2009-09-24 12:38:29
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involute

新虫 (初入文坛)

回复:85


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
非常感谢您的及时回答!

我仔细看过了,在topology_all27_na里面,对于A,T,C,G,只定义了两个Improper;而在bionano-tutorial里面,那个sample DNA的psf中,定义了5个,即凡是跟周围三个原子成键的原子,它都以此为中心,定义了一个improper。

这样看来,CHARMM和Amber对参数的定义,还有拟合方式是很不一样的。

所以,我决定还是修改topology_all27这个文件,直到最后得到的psf文件跟tutorial里面给出的sample DNA一致。

感谢你的指教!
86楼2009-09-24 14:00:31
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢! 9-29 16:07
你可以改改看,或是问问bionano的作者那个cornell.rtf 文件长得啥样子,
其实用charmm的核酸力场也不错。

还有,阁下是不是姓何

[ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 15:33 ]
87楼2009-09-24 14:51:24
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arthurii

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请教,NAMD跑完动力学,怎么算平均结构?还有用VMD算的SASA面积要求录入的那个参数是什么来的?看user guide不是很明白,怎么可以分别算极性和非极性的部分?
谢谢
88楼2009-09-26 09:12:32
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢! 9-29 16:07
measure avpos 和measure sasa可以分别完成你的要求
参考ug107和109页,很清楚的。
我在这里再怎么表述也不会比ug更清楚。
atomselect 中有一个keyword:polar,不知道能否判断极性。
89楼2009-09-26 10:16:58
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arthurii

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-26 10:16:
measure avpos 和measure sasa可以分别完成你的要求
参考ug107和109页,很清楚的。
我在这里再怎么表述也不会比ug更清楚。
atomselect 中有一个keyword:polar,不知道能否判断极性。

Thank you very much. 版主动作真快,辛苦了
90楼2009-09-26 14:55:47
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