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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢！ 12-25 16:42
那一个帮助页上面有个Paratool's user guide 的链接
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... ool/usersguide.html
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81楼2009-09-18 21:19:13
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢！ 12-25 16:42
我整理了一份paratool 的中文指南，在http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 的第21-23楼
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82楼2009-09-20 10:24:50
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-20 10:24:
我整理了一份paratool 的中文指南，在http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html 的第21-23楼

万分感谢！！
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83楼2009-09-22 21:57:59
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involute

新虫 (初入文坛)

请教PSF文件中关于IMPHI的写法

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
您好！
     我最近用topology_all27_na.inp生成DNA的PSF文件的时候发现，对于如下的IMPROPER：

    A—B—C
         ▏
        D
     在psf文件的IMPHI行，是写成 B A C D的格式。但我查了一下NAMD关于bionano的一个tutorial，发现它给的sample DNA，对以上结构，采取的写法是 A C B D。
     另外，我查看了一下，这个tutorial里面，PDB和PSF中，atom name，atom type均采取Amber的命名格式，因为它最后计算采取的parameter file是cornell.prm，里面的atom type是AMBER格式的。

     所以，我现在碰到一个问题，直接采取top_all27_na.inp生成的IMPHI，在用cornell.prm参数运行NAMD时，它报错，因为不认识B A C D，所以找不到B A C D的参数。

     我想请教一下，是不是因为top_all27_na.inp采取的是CHARMM格式，而cornell.prm采取的是Amber格式，所以它们对IMPROPER的四个原子排列顺序不一样？

     如果是那样，我个人打算采取的解决方案是，直接修改top_all27_na.inp里面每个residue对IMPR的格式定义，使其跟cornell.prm一致，但我不知道这样会不会有别的意想不到的问题。

     ps：我的专业背景是微电子类，对生物知道的很少。请多多赐教！

    谢谢！
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84楼2009-09-24 11:15:41
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:07
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:43
amber 力场用于处理核酸，charmm力场用于处理蛋白质，这个算是个"潜规则"吧，但不是绝对要遵循的。

amber的形式同charmm 还有些不同，bionano例中应该是在charmm 的形式上借用了amber的参数。那个impr 的确有问题，需要手工修改。作者可能修改过了，在大多数的psf 文件开头都有 REMARKS topology cornell.rtf ，可惜这个神秘的cornell.rtf 没有在例中出现。

一套力场参数是经过反复拟合得到的，不同力场间的参数并不是完全通用。而charmm力场是namd 的原生力场，支持最好，且charmm 中同样有全套的核酸的力场参数，可以用这个。

amber 用在namd 中要经过比较复杂的设置。
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html

[ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 12:39 ]
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85楼2009-09-24 12:38:29
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involute

新虫 (初入文坛)

回复：85

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
非常感谢您的及时回答！

我仔细看过了，在topology_all27_na里面，对于A，T，C，G，只定义了两个Improper；而在bionano-tutorial里面，那个sample DNA的psf中，定义了5个，即凡是跟周围三个原子成键的原子，它都以此为中心，定义了一个improper。

这样看来，CHARMM和Amber对参数的定义，还有拟合方式是很不一样的。

所以，我决定还是修改topology_all27这个文件，直到最后得到的psf文件跟tutorial里面给出的sample DNA一致。

感谢你的指教！
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86楼2009-09-24 14:00:31
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:07
你可以改改看，或是问问bionano的作者那个cornell.rtf 文件长得啥样子，
其实用charmm的核酸力场也不错。

还有，阁下是不是姓何

[ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 15:33 ]
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87楼2009-09-24 14:51:24
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请教，NAMD跑完动力学，怎么算平均结构？还有用VMD算的SASA面积要求录入的那个参数是什么来的？看user guide不是很明白，怎么可以分别算极性和非极性的部分？
谢谢
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88楼2009-09-26 09:12:32
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢！ 9-29 16:07
measure avpos 和measure sasa可以分别完成你的要求
参考ug107和109页，很清楚的。
我在这里再怎么表述也不会比ug更清楚。
atomselect 中有一个keyword:polar，不知道能否判断极性。
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89楼2009-09-26 10:16:58
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-9-26 10:16:
measure avpos 和measure sasa可以分别完成你的要求
参考ug107和109页，很清楚的。
我在这里再怎么表述也不会比ug更清楚。
atomselect 中有一个keyword:polar，不知道能否判断极性。

Thank you very much. 版主动作真快，辛苦了
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90楼2009-09-26 14:55:47
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