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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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chcwaaa

木虫 (正式写手)

连接2个pdb

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你好,我有2个pdb文件,我想用tcl命令连接到一个pdb里去.
我找到如下语句: protein.psf 和protein.pdb 对应
membrane.psf 和membrane.pdb对应
protein_lipids 是合并后的结果
package require psfgen
readpsf protein.psf
readpsf membrane.psf

coordpdb protein.pdb
coordpdb membrane.pdb

writepdb protein_lipids.pdb
writepsf protein_lipids.psf

我按照上面的脚本测试,出错:unable to add (duplicate?) residue W1:1.
我实际上是连接2个同样的水盒子,只是第二个相对于第一个盒子在z方向偏移了一定距离. 不知道是怎么回事,还有其它的方法吗? 非常感谢!
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101楼2009-11-03 21:14:12
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-4 16:17
可能是两个文件的segname和resid重复了吧,W1:1分别指的就是这两项
改个segname试试看
这种情况最好重新做pdb文件,在psfgen,否则segname 很乱,后期处理较麻烦
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102楼2009-11-04 10:02:23
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csfn
103楼2009-11-12 14:18:16
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)

In the VMD TkCon window, type the following command:source ubq.pgn（出错）

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
>Main< (vmd) 3 % source ubq.pgn
couldn't read file "ubq.pgn": no such file or directory

请问怎样解决这个问题，初学VMD请高手指教！！
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104楼2009-11-15 13:28:39
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-15 13:28:
>Main< (vmd) 3 % source ubq.pgn
couldn't read file "ubq.pgn": no such file or directory

请问怎样解决这个问题，初学VMD请高手指教！！

和当前路径有关,按tutorial 一步一步来.
补习pwd, cd, ls 等操作方法
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105楼2009-11-15 14:26:09
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)

NAMD 出错请求帮助！！

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) 2"
    (procedure "calcforces" line 5)
    invoked from within
"calcforces"

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) 2"
    (procedure "calcforces" line 5)
    invoked from within
"calcforces"


This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.
Please contact the application's support team for more information.

请问怎么解决这一问题？？
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106楼2009-11-16 16:49:11
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)

上面问题的.conf文件

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Simulate the 4-nanotube system with induced pressure difference


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          cnt.psf
coordinates        cnt.pdb

set temperature    300
set outputname     sim_short


# Continuing a job from the restart files
Bincoordinates     initial.coor
Binvelocities      initial.vel


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          par_all27_prot_lipid.prm  


# Periodic Boundary conditions
cellBasisVector1    23    0.   0.
cellBasisVector2     0.   19.919   0.
cellBasisVector3     0.    0   30.3962
wrapAll             on


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        14.5


# Integrator Parameters
timestep            1    ;# 1fs/step
nonbondedFreq       2
fullElectFrequency  4  
stepspercycle       20


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    no    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Output
outputName          $outputname
restartfreq         1000     ;# 1000steps = every 1ps
dcdfreq             1000
outputEnergies      1000


# Fixed Atoms Constraint (set PDB occupancy-column to 1)
fixedAtoms          on


# IMD Settings (can view sim in VMD)
if {0} {
IMDon           on
IMDport         3000    ;# port number (enter it in VMD)
IMDfreq         1       ;# send every 1 frame
IMDwait         no      ;# wait for VMD to connect before running?
}


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################

tclForces                on

tclForcesScript {
  set cellLengthZ 30.3962  ;# The length of the unit cell in the z-direction, should be the same as the value in "cellBasisVector3"
  set LowerBoundary -12.5
  set UpperBoundary 12.5
  set force {0 0 0.4}
  set watIdList {}
  for {set i 577} {$i<1320} {incr i 3} {
    lappend watIdList $i
    addatom $i
  }
  proc calcforces {} {
    global cellLengthZ LowerBoundary UpperBoundary force watIdList
    loadcoords coorList
    foreach i $watIdList {
      set z [lindex $coorList($i) 2]
      set z [expr $z-round($z/$cellLengthZ)*$cellLengthZ]  ;# Translate this coordinate into its corresponding value in the original unit cell
      if {$z>$UpperBoundary || $z<$LowerBoundary} {
        addforce $i $force
      }
    }
  }
}



#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

run 40000 ;# 40ps
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107楼2009-11-16 17:03:39
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:44
引用回帖:
Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-16 16:49:
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) ...

这是user define force , 属于namd 的高级用法, 涉及的内容很多,
在一个帖子中讲不完. 你还是先学一下基础的吧.
把这个帖子提到的东西看完再说
http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html
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108楼2009-11-16 17:05:51
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jianchaoyv

金虫 (小有名气)

上面问题的.conf文件

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Simulate the 4-nanotube system with induced pressure difference


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          cnt.psf
coordinates        cnt.pdb

set temperature    300
set outputname     sim_short


# Continuing a job from the restart files
Bincoordinates     initial.coor
Binvelocities      initial.vel


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          par_all27_prot_lipid.prm  


# Periodic Boundary conditions
cellBasisVector1    23    0.   0.
cellBasisVector2     0.   19.919   0.
cellBasisVector3     0.    0   30.3962
wrapAll             on


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        14.5


# Integrator Parameters
timestep            1    ;# 1fs/step
nonbondedFreq       2
fullElectFrequency  4  
stepspercycle       20


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    no    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Output
outputName          $outputname
restartfreq         1000     ;# 1000steps = every 1ps
dcdfreq             1000
outputEnergies      1000


# Fixed Atoms Constraint (set PDB occupancy-column to 1)
fixedAtoms          on


# IMD Settings (can view sim in VMD)
if {0} {
IMDon           on
IMDport         3000    ;# port number (enter it in VMD)
IMDfreq         1       ;# send every 1 frame
IMDwait         no      ;# wait for VMD to connect before running?
}


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################

tclForces                on

tclForcesScript {
  set cellLengthZ 30.3962  ;# The length of the unit cell in the z-direction, should be the same as the value in "cellBasisVector3"
  set LowerBoundary -12.5
  set UpperBoundary 12.5
  set force {0 0 0.4}
  set watIdList {}
  for {set i 577} {$i<1320} {incr i 3} {
    lappend watIdList $i
    addatom $i
  }
  proc calcforces {} {
    global cellLengthZ LowerBoundary UpperBoundary force watIdList
    loadcoords coorList
    foreach i $watIdList {
      set z [lindex $coorList($i) 2]
      set z [expr $z-round($z/$cellLengthZ)*$cellLengthZ]  ;# Translate this coordinate into its corresponding value in the original unit cell
      if {$z>$UpperBoundary || $z<$LowerBoundary} {
        addforce $i $force
      }
    }
  }
}



#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

run 40000 ;# 40ps
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109楼2009-11-16 18:11:47
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:45
这是一篇教程的例子,模拟的是水分子在加压情况下通过SWNT的过程.
User-Defined Forces 就是用来模拟外压的.
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... bes-html/index.html
但你的问题是什么
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110楼2009-11-16 18:29:12
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