应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
21111/22返回列表首页上一页91011121314下一页末页
查看: 12766  |  回复: 210
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chcwaaa

木虫 (正式写手)

连接2个pdb

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你好,我有2个pdb文件,我想用tcl命令连接到一个pdb里去.
我找到如下语句: protein.psf 和protein.pdb 对应
membrane.psf 和membrane.pdb对应
protein_lipids 是合并后的结果
package require psfgen
readpsf protein.psf
readpsf membrane.psf

coordpdb protein.pdb
coordpdb membrane.pdb

writepdb protein_lipids.pdb
writepsf protein_lipids.psf

我按照上面的脚本测试,出错:unable to add (duplicate?) residue W1:1.
我实际上是连接2个同样的水盒子,只是第二个相对于第一个盒子在z方向偏移了一定距离. 不知道是怎么回事,还有其它的方法吗? 非常感谢!
赞一下(1人) 回复此楼
101楼2009-11-03 21:14:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-4 16:17
可能是两个文件的segname和resid重复了吧,W1:1分别指的就是这两项
改个segname试试看
这种情况最好重新做pdb文件,在psfgen,否则segname 很乱,后期处理较麻烦
赞一下(10人) 回复此楼
102楼2009-11-04 10:02:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

csfn
103楼2009-11-12 14:18:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianchaoyv

金虫 (小有名气)

In the VMD TkCon window, type the following command:source ubq.pgn（出错）

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
>Main< (vmd) 3 % source ubq.pgn
couldn't read file "ubq.pgn": no such file or directory

请问怎样解决这个问题，初学VMD请高手指教！！
赞一下(1人) 回复此楼
104楼2009-11-15 13:28:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-15 13:28:
>Main< (vmd) 3 % source ubq.pgn
couldn't read file "ubq.pgn": no such file or directory

请问怎样解决这个问题，初学VMD请高手指教！！

和当前路径有关,按tutorial 一步一步来.
补习pwd, cd, ls 等操作方法
赞一下 回复此楼
105楼2009-11-15 14:26:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianchaoyv

金虫 (小有名气)

NAMD 出错请求帮助！！

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) 2"
    (procedure "calcforces" line 5)
    invoked from within
"calcforces"

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) 2"
    (procedure "calcforces" line 5)
    invoked from within
"calcforces"


This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.
Please contact the application's support team for more information.

请问怎么解决这一问题？？
赞一下(1人) 回复此楼
106楼2009-11-16 16:49:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianchaoyv

金虫 (小有名气)

上面问题的.conf文件

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Simulate the 4-nanotube system with induced pressure difference


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          cnt.psf
coordinates        cnt.pdb

set temperature    300
set outputname     sim_short


# Continuing a job from the restart files
Bincoordinates     initial.coor
Binvelocities      initial.vel


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          par_all27_prot_lipid.prm  


# Periodic Boundary conditions
cellBasisVector1    23    0.   0.
cellBasisVector2     0.   19.919   0.
cellBasisVector3     0.    0   30.3962
wrapAll             on


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        14.5


# Integrator Parameters
timestep            1    ;# 1fs/step
nonbondedFreq       2
fullElectFrequency  4  
stepspercycle       20


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    no    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Output
outputName          $outputname
restartfreq         1000     ;# 1000steps = every 1ps
dcdfreq             1000
outputEnergies      1000


# Fixed Atoms Constraint (set PDB occupancy-column to 1)
fixedAtoms          on


# IMD Settings (can view sim in VMD)
if {0} {
IMDon           on
IMDport         3000    ;# port number (enter it in VMD)
IMDfreq         1       ;# send every 1 frame
IMDwait         no      ;# wait for VMD to connect before running?
}


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################

tclForces                on

tclForcesScript {
  set cellLengthZ 30.3962  ;# The length of the unit cell in the z-direction, should be the same as the value in "cellBasisVector3"
  set LowerBoundary -12.5
  set UpperBoundary 12.5
  set force {0 0 0.4}
  set watIdList {}
  for {set i 577} {$i<1320} {incr i 3} {
    lappend watIdList $i
    addatom $i
  }
  proc calcforces {} {
    global cellLengthZ LowerBoundary UpperBoundary force watIdList
    loadcoords coorList
    foreach i $watIdList {
      set z [lindex $coorList($i) 2]
      set z [expr $z-round($z/$cellLengthZ)*$cellLengthZ]  ;# Translate this coordinate into its corresponding value in the original unit cell
      if {$z>$UpperBoundary || $z<$LowerBoundary} {
        addforce $i $force
      }
    }
  }
}



#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

run 40000 ;# 40ps
赞一下(1人) 回复此楼
107楼2009-11-16 17:03:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:44
引用回帖:
Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-16 16:49:
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
    while executing
"lindex $coorList($i) ...

这是user define force , 属于namd 的高级用法, 涉及的内容很多,
在一个帖子中讲不完. 你还是先学一下基础的吧.
把这个帖子提到的东西看完再说
http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html
赞一下(11人) 回复此楼
108楼2009-11-16 17:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianchaoyv

金虫 (小有名气)

上面问题的.conf文件

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Simulate the 4-nanotube system with induced pressure difference


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          cnt.psf
coordinates        cnt.pdb

set temperature    300
set outputname     sim_short


# Continuing a job from the restart files
Bincoordinates     initial.coor
Binvelocities      initial.vel


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          par_all27_prot_lipid.prm  


# Periodic Boundary conditions
cellBasisVector1    23    0.   0.
cellBasisVector2     0.   19.919   0.
cellBasisVector3     0.    0   30.3962
wrapAll             on


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        14.5


# Integrator Parameters
timestep            1    ;# 1fs/step
nonbondedFreq       2
fullElectFrequency  4  
stepspercycle       20


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    no    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Output
outputName          $outputname
restartfreq         1000     ;# 1000steps = every 1ps
dcdfreq             1000
outputEnergies      1000


# Fixed Atoms Constraint (set PDB occupancy-column to 1)
fixedAtoms          on


# IMD Settings (can view sim in VMD)
if {0} {
IMDon           on
IMDport         3000    ;# port number (enter it in VMD)
IMDfreq         1       ;# send every 1 frame
IMDwait         no      ;# wait for VMD to connect before running?
}


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################

tclForces                on

tclForcesScript {
  set cellLengthZ 30.3962  ;# The length of the unit cell in the z-direction, should be the same as the value in "cellBasisVector3"
  set LowerBoundary -12.5
  set UpperBoundary 12.5
  set force {0 0 0.4}
  set watIdList {}
  for {set i 577} {$i<1320} {incr i 3} {
    lappend watIdList $i
    addatom $i
  }
  proc calcforces {} {
    global cellLengthZ LowerBoundary UpperBoundary force watIdList
    loadcoords coorList
    foreach i $watIdList {
      set z [lindex $coorList($i) 2]
      set z [expr $z-round($z/$cellLengthZ)*$cellLengthZ]  ;# Translate this coordinate into its corresponding value in the original unit cell
      if {$z>$UpperBoundary || $z<$LowerBoundary} {
        addforce $i $force
      }
    }
  }
}



#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

run 40000 ;# 40ps
赞一下(1人) 回复此楼
109楼2009-11-16 18:11:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:45
这是一篇教程的例子,模拟的是水分子在加压情况下通过SWNT的过程.
User-Defined Forces 就是用来模拟外压的.
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... bes-html/index.html
但你的问题是什么
赞一下(10人) 回复此楼
110楼2009-11-16 18:29:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bay__gulf 的主题更新
21111/22返回列表首页上一页91011121314下一页末页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +4 yuleib84 2026-08-18 5/250 2026-08-18 14:25 by 学员tGYWa5
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +45 医学老男孩 2026-08-13 101/5050 2026-08-18 13:40 by 医学老男孩
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 KZyU1THERRVo 2026-08-18 4/200 2026-08-18 13:28 by vHWVV9D5Deb5
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 8/400 2026-08-18 11:47 by gltch
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 5/250 2026-08-18 11:25 by 無關想念
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +5 基诺咪客 2026-08-17 6/300 2026-08-18 11:06 by hunter无悔
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭