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200472027

禁虫 (著名写手)
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131楼2010-03-14 18:32:28
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-15 11:09
膜厚度的讨论
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid86128

最简单的方法是测量两侧P原子的坐标差
set  p1  [atomselect  top  "lipid  and  name P  and  XXX"]
set  p2  [atomselect  top  "lipid  and  name P  and  YYY"]
set  z1  [lindex  [measure  center  $p1]  2]
set  z2  [lindex  [measure  center  $p2]  2]
XXX 和 YYY 是定义两侧P 的选择条件, 根据实际情况设定, 如z 值或segname
z1 和 z2 之差就是膜厚度
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132楼2010-03-14 18:58:39
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200472027

禁虫 (著名写手)
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133楼2010-03-14 19:49:31
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200472027

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134楼2010-03-14 20:03:24
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200472027

禁虫 (著名写手)
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135楼2010-03-14 20:06:50
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-15 11:10
z1和z2 是两侧P原子COM的z坐标
因为表面张力的原因, 膜会倾向于平行某个边界
但两侧P原子COM的x,y坐标无关紧要
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136楼2010-03-14 21:29:56
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200472027

禁虫 (著名写手)
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137楼2010-03-14 23:11:23
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-15 11:10
COM指center of masses
按时间更新有两种方法, 在atomselect 的使用方式上
bigdcd 也不错,这个针对轨迹太大不能放入内存的情形

先通一遍vmd-tutorial吧
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138楼2010-03-15 08:56:58
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200472027

禁虫 (著名写手)
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139楼2010-03-15 09:32:36
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200472027

禁虫 (著名写手)
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140楼2010-03-19 20:30:14
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