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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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200472027

禁虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
161楼2010-03-31 16:28:30
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-01 16:16
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-03-31 16:28:30:
对于上面我的那个问题，我差了一下，看我的理解对不对：
dihedral用于4个首尾相连的原子，
improper用于一个原子分别与三个原子相连的情况

dihedral用于4个首尾相连的原子，
是的

improper用于一个原子分别与三个原子相连的情况
不一定,
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162楼2010-04-01 13:48:48
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200472027

禁虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
163楼2010-04-02 22:15:29
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fongchun

新虫 (初入文坛)
来报到，
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164楼2010-04-06 13:47:32
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bay兄好，我看文献里经常有先束缚骨架碳原子，进行模拟M秒，之后再解束缚，模拟N秒，那么我想请问一下，之前对骨架碳原子束缚是否是必要的？如果是必要的起作用是什么？维持结构的相对稳定？之后所有原子的自由运动需要如何实现？需要我从之前的DCD文件里提取最后的PDB文件重新进行一个长时间的模拟吗？
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165楼2010-04-14 19:33:39
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-15 19:54
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-14 19:33:39:
bay兄好，我看文献里经常有先束缚骨架碳原子，进行模拟M秒，之后再解束缚，模拟N秒，那么我想请问一下，之前对骨架碳原子束缚是否是必要的？如果是必要的起作用是什么？维持结构的相对稳定？之后所有原子的自由运 ...

参考 膜蛋白的MD模拟 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 第8楼
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166楼2010-04-14 19:48:44
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-14 19:48:44:

参考 膜蛋白的MD模拟 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 第8楼

呵呵~BAY兄，我在VMD中利用NAMDgui对可移动的原子进行设置，在里面输入not alpha carbon，貌似就可以设置骨架碳原子的束缚下的动力学了，接下来的我也明白怎么继续进行了~谢谢指教
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167楼2010-04-16 09:39:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-16 09:39:28:

呵呵~BAY兄，我在VMD中利用NAMDgui对可移动的原子进行设置，在里面输入not alpha carbon，貌似就可以设置骨架碳原子的束缚下的动力学了，接下来的我也明白怎么继续进行了~谢谢指教

汗~今天看BAY兄在分子模拟上关于WINDOWS下NAMD的并行问题的解释，在自己的双核机上试了下：
最后再输入charmrun namd2 ++local +p 2 xx.namd时运行成功，谢谢Bay兄
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168楼2010-04-18 15:12:43
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tingjun

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
VMD确实不错，得快点学啊！
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169楼2010-04-27 09:29:31
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sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bay__gulf 专家你好：对于VMD以前没有用过
它可以生成比较漂亮的分子轨道图，据说这里面有一些转化的技巧，能不能指点一下，如何得到分子轨道图，经过什么样的技巧 谢谢了哈
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谋事在人成事在天
170楼2010-04-27 11:02:55
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