应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
21117/22返回列表首页上一页151617181920下一页末页
查看: 13181  |  回复: 210
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

200472027

禁虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
161楼2010-03-31 16:28:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-01 16:16
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-03-31 16:28:30:
对于上面我的那个问题，我差了一下，看我的理解对不对：
dihedral用于4个首尾相连的原子，
improper用于一个原子分别与三个原子相连的情况

dihedral用于4个首尾相连的原子，
是的

improper用于一个原子分别与三个原子相连的情况
不一定,
赞一下(1人) 回复此楼
162楼2010-04-01 13:48:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

200472027

禁虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
163楼2010-04-02 22:15:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fongchun

新虫 (初入文坛)
来报到，
回复此楼
164楼2010-04-06 13:47:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bay兄好，我看文献里经常有先束缚骨架碳原子，进行模拟M秒，之后再解束缚，模拟N秒，那么我想请问一下，之前对骨架碳原子束缚是否是必要的？如果是必要的起作用是什么？维持结构的相对稳定？之后所有原子的自由运动需要如何实现？需要我从之前的DCD文件里提取最后的PDB文件重新进行一个长时间的模拟吗？
赞一下(1人) 回复此楼
165楼2010-04-14 19:33:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-15 19:54
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-14 19:33:39:
bay兄好，我看文献里经常有先束缚骨架碳原子，进行模拟M秒，之后再解束缚，模拟N秒，那么我想请问一下，之前对骨架碳原子束缚是否是必要的？如果是必要的起作用是什么？维持结构的相对稳定？之后所有原子的自由运 ...

参考 膜蛋白的MD模拟 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 第8楼
赞一下(1人) 回复此楼
166楼2010-04-14 19:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-14 19:48:44:

参考 膜蛋白的MD模拟 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 第8楼

呵呵~BAY兄，我在VMD中利用NAMDgui对可移动的原子进行设置，在里面输入not alpha carbon，貌似就可以设置骨架碳原子的束缚下的动力学了，接下来的我也明白怎么继续进行了~谢谢指教
赞一下(1人) 回复此楼
167楼2010-04-16 09:39:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-16 09:39:28:

呵呵~BAY兄，我在VMD中利用NAMDgui对可移动的原子进行设置，在里面输入not alpha carbon，貌似就可以设置骨架碳原子的束缚下的动力学了，接下来的我也明白怎么继续进行了~谢谢指教

汗~今天看BAY兄在分子模拟上关于WINDOWS下NAMD的并行问题的解释，在自己的双核机上试了下：
最后再输入charmrun namd2 ++local +p 2 xx.namd时运行成功，谢谢Bay兄
赞一下(1人) 回复此楼
168楼2010-04-18 15:12:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
VMD确实不错，得快点学啊！
赞一下(1人) 回复此楼
169楼2010-04-27 09:29:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bay__gulf 专家你好：对于VMD以前没有用过
它可以生成比较漂亮的分子轨道图，据说这里面有一些转化的技巧，能不能指点一下，如何得到分子轨道图，经过什么样的技巧 谢谢了哈
赞一下(1人) 回复此楼
谋事在人成事在天
170楼2010-04-27 11:02:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bay__gulf 的主题更新
21117/22返回列表首页上一页151617181920下一页末页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 02:52 by l48hFd8Nwae2
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 02:52 by l48hFd8Nwae2
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 11/550 2026-11-09 02:48 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 8/400 2026-11-06 16:34 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 10/500 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:11 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 kvewwGtKktqB 2026-11-04 11/550 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 04:47 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:42 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭