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200472027

禁虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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161楼2010-03-31 16:28:30
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-01 16:16
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-03-31 16:28:30:
对于上面我的那个问题,我差了一下,看我的理解对不对:
dihedral用于4个首尾相连的原子,
improper用于一个原子分别与三个原子相连的情况

dihedral用于4个首尾相连的原子,
是的

improper用于一个原子分别与三个原子相连的情况
不一定,
162楼2010-04-01 13:48:48
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200472027

禁虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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163楼2010-04-02 22:15:29
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fongchun

新虫 (初入文坛)

来报到,
164楼2010-04-06 13:47:32
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
bay兄好,我看文献里经常有先束缚骨架碳原子,进行模拟M秒,之后再解束缚,模拟N秒,那么我想请问一下,之前对骨架碳原子束缚是否是必要的?如果是必要的起作用是什么?维持结构的相对稳定?之后所有原子的自由运动需要如何实现?需要我从之前的DCD文件里提取最后的PDB文件重新进行一个长时间的模拟吗?
165楼2010-04-14 19:33:39
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-15 19:54
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-14 19:33:39:
bay兄好,我看文献里经常有先束缚骨架碳原子,进行模拟M秒,之后再解束缚,模拟N秒,那么我想请问一下,之前对骨架碳原子束缚是否是必要的?如果是必要的起作用是什么?维持结构的相对稳定?之后所有原子的自由运 ...

参考 膜蛋白的MD模拟 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 第8楼
166楼2010-04-14 19:48:44
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by bay__gulf at 2010-04-14 19:48:44:

参考 膜蛋白的MD模拟 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 第8楼

呵呵~BAY兄,我在VMD中利用NAMDgui对可移动的原子进行设置,在里面输入not alpha carbon,貌似就可以设置骨架碳原子的束缚下的动力学了,接下来的我也明白怎么继续进行了~谢谢指教
167楼2010-04-16 09:39:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-16 09:39:28:

呵呵~BAY兄,我在VMD中利用NAMDgui对可移动的原子进行设置,在里面输入not alpha carbon,貌似就可以设置骨架碳原子的束缚下的动力学了,接下来的我也明白怎么继续进行了~谢谢指教

汗~今天看BAY兄在分子模拟上关于WINDOWS下NAMD的并行问题的解释,在自己的双核机上试了下:
最后再输入charmrun namd2 ++local +p 2 xx.namd时运行成功,谢谢Bay兄
168楼2010-04-18 15:12:43
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tingjun

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
VMD确实不错,得快点学啊!
169楼2010-04-27 09:29:31
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sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
bay__gulf 专家你好:对于VMD以前没有用过
它可以生成比较漂亮的分子轨道图,据说这里面有一些转化的技巧,能不能指点一下,如何得到分子轨道图,经过什么样的技巧 谢谢了哈
谋事在人成事在天
170楼2010-04-27 11:02:55
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