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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
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1楼 2009-05-02 11:11:38
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
想请问一下，当处理分子中带有杂原子的时候，比如FAD,或是金属原子的时候，它们的参数如何获得呢？看到VMD中有PARATOOL可以建立缺失原子类型的常数，但是在用的时候总出错，想问下楼主知道PARATOOL可以处理以上两种类型的物质吗？如果不可以的话，有没有其它的方法获得这些物质的CHARMM力场常数？谢谢指教
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123楼2010-02-10 13:36:23
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Bay兄好，我在进行一个含有NAD的脱氢酶的分子动力学模拟，利用VMD进行PSF文件的准备，整个过程是这样的，利用Pymol加氢，在TOP文件中除了默认的那个之外还加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str,加水盒，再写NAMD的CONFIG文件时，par文件同样加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str，可是在最后的运行中出现了能量最小化无法进行，问题程序如下：

D:\namd>namd2 BphBW.namd
Charm++: standalone mode (not using charmrun)
Info: NAMD 2.6 for Win32-i686
Info: Based on Charm++/Converse 50900 for net-win32-smp
Info: Built Wed Aug 30 14:13:15 2006 by administrator on malta
Info: Running on 1 processors.
Info: 0 kB of memory in use.
Info: Memory usage based on nothing
Info: Configuration file is BphBW.namd
TCL: Suspending until startup complete.
Info: SIMULATION PARAMETERS:
Info: TIMESTEP               1
Info: NUMBER OF STEPS        0
Info: STEPS PER CYCLE        20
Info: LOAD BALANCE STRATEGY  Other
Info: LDB PERIOD             4000 steps
Info: FIRST LDB TIMESTEP     100
Info: LDB BACKGROUND SCALING 1
Info: HOM BACKGROUND SCALING 1
Info: MAX SELF PARTITIONS    50
Info: MAX PAIR PARTITIONS    20
Info: SELF PARTITION ATOMS   125
Info: PAIR PARTITION ATOMS   200
Info: PAIR2 PARTITION ATOMS  400
Info: MIN ATOMS PER PATCH    100
Info: INITIAL TEMPERATURE    298
Info: CENTER OF MASS MOVING INITIALLY? NO
Info: DIELECTRIC             1
Info: EXCLUDE                SCALED ONE-FOUR
Info: 1-4 SCALE FACTOR       1
Info: DCD FILENAME           D:/namd/BphBW.dcd
Info: DCD FREQUENCY          50
Info: DCD FIRST STEP         50
Info: XST FILENAME           D:/namd/BphBW.xst
Info: XST FREQUENCY          50
Info: NO VELOCITY DCD OUTPUT
Info: OUTPUT FILENAME        D:/namd/BphBW
Info: RESTART FILENAME       D:/namd/BphBW.restart
Info: RESTART FREQUENCY      1000
Info: SWITCHING ACTIVE
Info: SWITCHING ON           9
Info: SWITCHING OFF          10
Info: PAIRLIST DISTANCE      12
Info: PAIRLIST SHRINK RATE   0.01
Info: PAIRLIST GROW RATE     0.01
Info: PAIRLIST TRIGGER       0.3
Info: PAIRLISTS PER CYCLE    2
Info: PAIRLISTS ENABLED
Info: MARGIN                 0
Info: HYDROGEN GROUP CUTOFF  2.5
Info: PATCH DIMENSION        14.5
Info: ENERGY OUTPUT STEPS    100
Info: CROSSTERM ENERGY INCLUDED IN DIHEDRAL
Info: TIMING OUTPUT STEPS    1000
Info: USING VERLET I (r-RESPA) MTS SCHEME.
Info: C1 SPLITTING OF LONG RANGE ELECTROSTATICS
Info: PLACING ATOMS IN PATCHES BY HYDROGEN GROUPS
Info: NONBONDED FORCES EVALUATED EVERY 2 STEPS
Info: RANDOM NUMBER SEED     1269358131
Info: USE HYDROGEN BONDS?    NO
Info: COORDINATE PDB         D:/namd/BphBW.pdb
Info: STRUCTURE FILE         D:/namd/BphBW.psf
Info: PARAMETER file: CHARMM format!
Info: PARAMETERS             D:/Program Files/University of Illinois/VMD/plugins
/noarch/tcl/readcharmmpar1.1/par_all27_prot_lipid_na.inp
Info: PARAMETERS             D:/namd/toppar/stream/toppar_all27_na_nad_ppi.str
Info: USING ARITHMETIC MEAN TO COMBINE L-J SIGMA PARAMETERS

Warning: DUPLICATE ANGLE ENTRY FOR CPH1-NR1-CPH2
PREVIOUS VALUES  k=130  theta0=107.5 k_ub=0 r_ub=0
   USING VALUES  k=130  theta0=107 k_ub=0 r_ub=0
Info: SKIPPING rtf SECTION IN STREAM FILE
Warning: SKIPPING PART OF PARAMETER FILE AFTER RETURN STATEMENT
Info: SUMMARY OF PARAMETERS:
Info: 307 BONDS
Info: 769 ANGLES
Info: 1254 DIHEDRAL
Info: 81 IMPROPER
Info: 6 CROSSTERM
Info: 190 VDW
Info: 0 VDW_PAIRS
Info: ****************************
Info: STRUCTURE SUMMARY:
Info: 57466 ATOMS
Info: 39760 BONDS
Info: 25471 ANGLES
Info: 11235 DIHEDRALS
Info: 692 IMPROPERS
Info: 279 CROSSTERMS
Info: 0 EXCLUSIONS
Info: 172395 DEGREES OF FREEDOM
Info: 19860 HYDROGEN GROUPS
Info: TOTAL MASS = 349765 amu
Info: TOTAL CHARGE = -5 e
Info: *****************************
Info: Entering startup phase 0 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 1 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 2 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 3 with 0 kB of memory in use.
Info: PATCH GRID IS 5 BY 8 BY 6
Info: REMOVING COM VELOCITY 0.0200817 -0.00200932 -0.0315461
Info: LARGEST PATCH (101) HAS 340 ATOMS
Info: CREATING 4195 COMPUTE OBJECTS
Info: Entering startup phase 4 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 5 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 6 with 0 kB of memory in use.
Measuring processor speeds... Done.
Info: Entering startup phase 7 with 0 kB of memory in use.
Info: CREATING 4195 COMPUTE OBJECTS
Info: NONBONDED TABLE R-SQUARED SPACING: 0.0625
Info: NONBONDED TABLE SIZE: 705 POINTS
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN FAST TABLE ENERGY: 1.69407e-021 AT 9.89634
Info: RELATIVE IMPRECISION IN FAST TABLE ENERGY: 1.52418e-014 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN FAST TABLE FORCE: 8.47033e-022 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN FAST TABLE FORCE: 6.77309e-016 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWA TABLE ENERGY: 1.57772e-030 AT 9.89634
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWA TABLE ENERGY: 4.54938e-015 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWA TABLE FORCE: 5.91646e-031 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWA TABLE FORCE: 5.6823e-016 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWB TABLE ENERGY: 4.71751e-025 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWB TABLE ENERGY: 1.45371e-014 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWB TABLE FORCE: 6.20385e-025 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWB TABLE FORCE: 5.97512e-016 AT 9.94673
Info: Entering startup phase 8 with 0 kB of memory in use.
Info: Finished startup with 0 kB of memory in use.
TCL: Minimizing for 1000 steps
Warning: Bad global exclusion count, possible error!
Warning: Increasing cutoff during minimization may avoid this.
ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP
          ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC
          TOTAL           TEMP         TOTAL2         TOTAL3        TEMPAVG

ENERGY:       0   5244966.2491        -1.#IND         1.#QNB         1.#QNB
   -199915.8640  99999999.9999         0.0000         0.0000         0.0000
         1.#QNB         0.0000         1.#QNB         1.#QNB         0.0000

OPENING EXTENDED SYSTEM TRAJECTORY FILE
INITIAL STEP: 1e-006
GRADIENT TOLERANCE: 1.#QNAN
在这里就进行不下去，推测原因如程序中提到的，增大CUTOFF值貌似也不好用，请Bay兄指点一下可能的原因~谢谢
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143楼2010-03-23 23:40:57
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zh1987hs

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Originally posted by bay__gulf at 2010-03-24 08:48:25:

最可能是par 文件有问题,也可能是构形的问题

bay兄，我在打开那个含有NAD的str文件后，上面说应该先读入XX.RTF和XX.PRM文件，意思是不是说我在载入STR文件前，应当先吧上述两个文件加到TOP文件和PAR文件的选项里？出现之前问题的原因还有没有可能是我没有给分子加PATCH?
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145楼2010-03-24 14:01:30
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

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bay兄好，我看文献里经常有先束缚骨架碳原子，进行模拟M秒，之后再解束缚，模拟N秒，那么我想请问一下，之前对骨架碳原子束缚是否是必要的？如果是必要的起作用是什么？维持结构的相对稳定？之后所有原子的自由运动需要如何实现？需要我从之前的DCD文件里提取最后的PDB文件重新进行一个长时间的模拟吗？
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165楼2010-04-14 19:33:39
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zh1987hs

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分子模拟新手
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Originally posted by bay__gulf at 2010-04-14 19:48:44:

参考 膜蛋白的MD模拟 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 第8楼

呵呵~BAY兄，我在VMD中利用NAMDgui对可移动的原子进行设置，在里面输入not alpha carbon，貌似就可以设置骨架碳原子的束缚下的动力学了，接下来的我也明白怎么继续进行了~谢谢指教
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167楼2010-04-16 09:39:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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Originally posted by zh1987hs at 2010-04-16 09:39:28:

呵呵~BAY兄，我在VMD中利用NAMDgui对可移动的原子进行设置，在里面输入not alpha carbon，貌似就可以设置骨架碳原子的束缚下的动力学了，接下来的我也明白怎么继续进行了~谢谢指教

汗~今天看BAY兄在分子模拟上关于WINDOWS下NAMD的并行问题的解释，在自己的双核机上试了下：
最后再输入charmrun namd2 ++local +p 2 xx.namd时运行成功，谢谢Bay兄
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168楼2010-04-18 15:12:43
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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Bay兄，我在进行模拟时用双核并行计算，刚开始的时候速度比较快，但是越到后面每一步所需时间逐渐变长，请问这样的现象正常吗？如果不正常，可能的原因是什么呢？
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174楼2010-04-28 19:30:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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Originally posted by bay__gulf at 2010-04-28 22:00:49:

我最近也遇到类似的问题, 某台(双胞胎机)机器(都是)全空下来后再跑任务, 但速度差别很大. 有时候一个任务速度也会忽快忽慢, 其他机器没有这个问题. 正在找原因
你能介绍一下你的机器配置吗

汗~我的电脑是普通的笔记本，神舟，1G DDR内存，奔腾双核处理器T2370
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176楼2010-04-29 08:07:26
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