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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-27 16:22
引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2010-04-27 11:02:55:
bay__gulf 专家你好：对于VMD以前没有用过
它可以生成比较漂亮的分子轨道图，据说这里面有一些转化的技巧，能不能指点一下，如何得到分子轨道图，经过什么样的技巧 谢谢了哈

的确可以, 参考 http://www.mdbbs.org/thread-20583-1-1.html
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171楼2010-04-27 11:34:14
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wanghuan7197

金虫 (小有名气)

gromacs中genion命令时出现的问题

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主，想问一下，我在genion命令加离子时要加入Br-，可是按照加Cl-的方法 加入时，怎么都过不去，因为在下一步grompp时出现错误，说Fatal error:No such moleculetype BR-
没有原子类型，是不是要在top中引用
的立场中改加入的离子，怎么改
谢谢楼主
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没有人能打败你，除了你自己。
172楼2010-04-28 15:38:57
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-04-28 20:37
引用回帖:
Originally posted by wanghuan7197 at 2010-04-28 15:38:57:
楼主，想问一下，我在genion命令加离子时要加入Br-，可是按照加Cl-的方法 加入时，怎么都过不去，因为在下一步grompp时出现错误，说Fatal error:No such moleculetype BR-
没有原子类型，是不是要在top中引用
的 ...

本贴是namd 答疑帖, 很少讨论gmx
Br- 可能在gmx的力场中不存在, 需要手工加上
很可惜我手头没有Br- 的力场参数
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173楼2010-04-28 17:37:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Bay兄，我在进行模拟时用双核并行计算，刚开始的时候速度比较快，但是越到后面每一步所需时间逐渐变长，请问这样的现象正常吗？如果不正常，可能的原因是什么呢？
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174楼2010-04-28 19:30:19
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-29 08:57
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-04-28 19:30:19:
Bay兄，我在进行模拟时用双核并行计算，刚开始的时候速度比较快，但是越到后面每一步所需时间逐渐变长，请问这样的现象正常吗？如果不正常，可能的原因是什么呢？

我最近也遇到类似的问题, 某台(双胞胎机)机器(都是)全空下来后再跑任务, 但速度差别很大. 有时候一个任务速度也会忽快忽慢, 其他机器没有这个问题. 正在找原因
你能介绍一下你的机器配置吗
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175楼2010-04-28 22:00:49
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-28 22:00:49:

我最近也遇到类似的问题, 某台(双胞胎机)机器(都是)全空下来后再跑任务, 但速度差别很大. 有时候一个任务速度也会忽快忽慢, 其他机器没有这个问题. 正在找原因
你能介绍一下你的机器配置吗

汗~我的电脑是普通的笔记本，神舟，1G DDR内存，奔腾双核处理器T2370
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176楼2010-04-29 08:07:26
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yfw7210

金虫 (小有名气)

求助“*.mdcrd”文件如何分解成小文件

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我做分子动力学产生的轨迹文件“*.mdcrd” 文件太大了，有400多兆，打不开，而且我想我它换成几个小的文件便于分析，怎么实现呢，请楼主指教！
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177楼2010-05-01 11:38:20
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jackwangee

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
超级赞！！！！！！！！！！！！！:
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178楼2010-12-31 15:52:05
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aquariusy

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我想做个给蛋白质升温的模拟，查看它构象变化，请问conf文件里要设置什么参数，怎么设置？有没有相关文献呢？
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179楼2011-01-25 16:25:26
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2011-01-25 16:25:26:
我想做个给蛋白质升温的模拟，查看它构象变化，请问conf文件里要设置什么参数，怎么设置？有没有相关文献呢？

参考
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid93279
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180楼2011-01-25 19:11:14
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