gromacs中genion命令时出现的问题

171楼2010-04-27 11:34:14

wanghuan7197

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gromacs中genion命令时出现的问题

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楼主，想问一下，我在genion命令加离子时要加入Br-，可是按照加Cl-的方法加入时，怎么都过不去，因为在下一步grompp时出现错误，说Fatal error:No such moleculetype BR-
没有原子类型，是不是要在top中引用
的立场中改加入的离子，怎么改
谢谢楼主

没有人能打败你，除了你自己。

172楼2010-04-28 15:38:57

bay__gulf

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lei0736(金币+3):谢谢 2010-04-28 20:37

引用回帖:

Originally posted by wanghuan7197 at 2010-04-28 15:38:57:
楼主，想问一下，我在genion命令加离子时要加入Br-，可是按照加Cl-的方法加入时，怎么都过不去，因为在下一步grompp时出现错误，说Fatal error:No such moleculetype BR-
没有原子类型，是不是要在top中引用
的 ...

本贴是namd 答疑帖, 很少讨论gmx
Br- 可能在gmx的力场中不存在, 需要手工加上
很可惜我手头没有Br- 的力场参数

173楼2010-04-28 17:37:59

zh1987hs

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Bay兄，我在进行模拟时用双核并行计算，刚开始的时候速度比较快，但是越到后面每一步所需时间逐渐变长，请问这样的现象正常吗？如果不正常，可能的原因是什么呢？

174楼2010-04-28 19:30:19

bay__gulf

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-29 08:57

引用回帖:

Originally posted by zh1987hs at 2010-04-28 19:30:19:
Bay兄，我在进行模拟时用双核并行计算，刚开始的时候速度比较快，但是越到后面每一步所需时间逐渐变长，请问这样的现象正常吗？如果不正常，可能的原因是什么呢？

我最近也遇到类似的问题, 某台(双胞胎机)机器(都是)全空下来后再跑任务, 但速度差别很大. 有时候一个任务速度也会忽快忽慢, 其他机器没有这个问题. 正在找原因
你能介绍一下你的机器配置吗

175楼2010-04-28 22:00:49

zh1987hs

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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-04-28 22:00:49:

我最近也遇到类似的问题, 某台(双胞胎机)机器(都是)全空下来后再跑任务, 但速度差别很大. 有时候一个任务速度也会忽快忽慢, 其他机器没有这个问题. 正在找原因
你能介绍一下你的机器配置吗

汗~我的电脑是普通的笔记本，神舟，1G DDR内存，奔腾双核处理器T2370

176楼2010-04-29 08:07:26