应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
81/1返回列表
查看: 11510  |  回复: 210
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与

看到这个板块的在线答疑方式办得很好，这里也尽自己的薄力给大家一些关于NAMD/VMD 原理及使用方面的帮助。

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答NAMD/VMD的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
注意：
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】


namd/vmd 官网上的一些好东西，一个免费软件提供的服务比收费软件还要全面。
这里列几个，不保证全。有些链接很深，需要仔细点找。

http://www.ks.uiuc.edu/      首页
http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi    一些亮点文章 ，可以索要，但不如看看网页的介绍
http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/   一些分类算例
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/  VMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html   vmd文档，里面的链接最好都看看
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/                  VMD Plugin Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/         VMD Script Library
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/            VMD-L Mailing List
   http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html     一些脚本，或许对你有用
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/    NAMD
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/                    NamdWiki
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/        NAMD Mailing List
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html    NAMD Documentation，推荐看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我还没有看，谁看完了讲一下。
   http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html   NAMD Announcements
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/                                                Training
   http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html           Case Studies
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/                Tutorials，那些pdf 和代码，常更新。就是说本来对你有用的可能下个月就找不到了

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学 爱笑的女孩子受神眷顾 PDT靶向相关 刘飞儿

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2009-05-02 11:11:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)

请问NAMD中溶剂化时的溶剂可否用别的溶剂呢？又是怎么加入进去的呢？

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问NAMD中溶剂化时的溶剂可否用别的溶剂呢？又是怎么加入进去的呢？请高人指点
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2009-06-28 14:44:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)

回11楼

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
【回11楼】
谢谢指导！
请你详细解释一下“自己建一个充满溶剂的盒子，然后合并起来”好吗？
或者，举个简单的例子，我是初学者不懂。
另外，您有讲这方面的教程或是指南吗？
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2009-06-29 08:17:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)

回【13】

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
回【13】
我想用一种特殊的水，是几个水分子以氢键相互作用而成为一个较大的分子，我想把这个整体作为溶剂，可以实现吗？ 具体些呢？
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2009-06-30 08:26:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
回【15】
谢谢！
您可以详细说一下这个限制怎么个加法吗，怎么来实现呢？
VMD 中 加入这种溶剂又是怎么实现的呢？
非常感谢您的指导，不知道您是否方便提供其他的联系方式，QQ 或者 E-mail ?
赞一下(1人) 回复此楼
16楼2009-06-30 15:05:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
为什么自动产生的参数文件没有内容呢？
像下边：
!>>>>>> Combined CHARMM All-Hydrogen Parameter File for <<<<<<<<<
!>>>>>>>>> CHARMM22 Proteins and CHARMM27 Lipids <<<<<<<<<<
!from
!>>>> CHARMM22 All-Hydrogen Parameter File for Proteins <<<<<<<<<<
!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> August 1999 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
!>>>>>>> Direct comments to Alexander D. MacKerell Jr. <<<<<<<<<
!>>>>>> 410-706-7442 or email: alex,mmiris.ab.umd.edu  <<<<<<<<<
!and !  \\\ CHARMM27 All-Hydrogen Lipid Parameter File ///////
!  \\\\\\\\\ Developmental /////////////////////////
!              Alexander D. MacKerell Jr.
!                     August 1999
! All comments to ADM jr.  email:alex,mmiris.ab.umd.edu
!              telephone: 410-706-7442
!



! +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
! + Residue topologies/parameters generated by PARATOOL.                      +
! +                                                                           +
! + PARATOOL is an interactive tool for generation of force field parameters. +
! + and can be obtained free of charge from                                   +
! + http://bioinf.charite.de/biophys/paratool                                 +
! +                                                                           +
! + Author:                                                                   +
! + Jan Saam                                                                  +
! + Institute of Biochemistry                                                 +
! + Charite Berlin                                                            +
! + Germany                                                                   +
! + saam@charite.de                                                           +
! +                                                                           +
! + CITATION:                                                                 +
! + If you use PARATOOL or topologies/parameters generated by this program,   +
! + please cite the following work:                                           +
! + Saam, et al. (2006), ...                                                  +
! +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++


! Parameters for components GLY THR
! To be used in combination with:
! F://20090703/par_all27_prot_lipid.inp


BONDS
!
!V(bond) = Kb(b - b0)**2
!
!Kb: kcal/mole/A**2
!b0: A
!
!atom type   Kb         b0
!



ANGLES
!
!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2
!
!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2
!
!Ktheta: kcal/mole/rad**2
!Theta0: degrees
!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)
!S0: A
!
!atom types        Ktheta    Theta0    Kub      S0
!



DIHEDRALS
!
!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))
!
!Kchi: kcal/mole
!n: multiplicity
!delta: degrees
!
!atom types             Kchi     n    delta
!


IMPROPER
!
!V(improper) = Kpsi(psi - psi0)**2
!
!Kpsi: kcal/mole/rad**2
!psi0: degrees
!note that the second column of numbers (0) is ignored
!
!atom types             Kpsi        0  psi0
!



NONBONDED nbxmod  5 atom cdiel shift vatom vdistance vswitch -
cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5
                !adm jr., 5/08/91, suggested cutoff scheme
!
!V(Lennard-Jones) = Eps(i,j)*[(Rmin(i,j)/r(i,j))**12 - 2(Rmin(i,j)/r(i,j))**6]
!
!epsilon [kcal/mole]: Eps(i,j) = sqrt(eps(i) * eps(j))
!Rmin/2  [A]:         Rmin(i,j) = Rmin/2(i) + Rmin/2(j)
!
!atom  ignored   epsilon     Rmin/2  ignored   eps,1-4     Rmin/2,1-4
!

END
赞一下(1人) 回复此楼
24楼2009-07-03 15:14:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)

有关VMD插件Paratool

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
版主，我在用VMD中的QMtool菜单，优化一个两个氨基酸组成的小分子，想得到它的最优化结构，我按照paratool 指南中操作，在写出了高斯输入文件后运行时，没有产生log文件，这是什么问题呢？
赞一下(1人) 回复此楼
26楼2009-07-07 11:05:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)

求助“*.mdcrd”文件如何分解成小文件

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我做分子动力学产生的轨迹文件“*.mdcrd” 文件太大了，有400多兆，打不开，而且我想我它换成几个小的文件便于分析，怎么实现呢，请楼主指教！
赞一下(1人) 回复此楼
177楼2010-05-01 11:38:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bay__gulf 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭