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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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神秘星球

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
126楼: Originally posted by fantastic at 2010-03-07 10:34:14
不知道楼主有没有用NAMD的FEP或者TI计算过
我看了那个教程，还是不知道那个FEP文件怎么准备？按照教程上面说的做，但是用alchemify处理时，显示还是没有始态与终态？


另外一个问题，我用预编译的NAMD，想要在 ...

请问一下++local 是什么意思？
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0010
201楼2014-04-21 14:29:52
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神秘星球

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主是用charmrun exec $* $args 这是什么意思？我使用charmrun,然后显示cannot find namd2!
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0010
202楼2014-04-21 15:37:06
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站立的树

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
203楼2015-01-09 21:15:38
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红颜不美

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
WRITING COORDINATES TO DCD FILE AT STEP 9000
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
最近已为这个问题愁的睡不着觉了 求大神解答
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计算模拟biubiu
204楼2015-01-20 10:18:21
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信纸一张

铁虫 (初入文坛)
感谢分享，对我有用！
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205楼2015-09-21 21:23:07
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haiyuntianya

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不知道现在回复还有回复没有，vmd新手，急求安装插件的方法，感觉vmd 1.9.2之后就变了是吗？我看过有一个插件是直接在extension preference里面修改，但有的又不行，帮帮忙啊，到底有没有通用的安装插件的方法呢！纠结了不知道多长时间了，到处问也没什么结果
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206楼2015-11-29 23:23:22
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wx3266626

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教下楼主，用VMD作径向分布函数时出现错误：there was an error running measure gofr，这是什么问题呢？VMD报错图片我已上传附件，还请楼主多多指教！
【在线答疑】关于NAMD/VMD
VMD错误.png
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207楼2015-11-30 08:57:46
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douwenhui

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主您好，我刚刚接触这两个软件的菜鸟，打算做蛋白质的模拟。可是老板让我先学着建立一些模型，之后再加其他条件，楼主能不能推荐一些建模的教程或者给点建议。
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208楼2016-01-14 14:45:19
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赵少荣很棒

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你们好，我是一个新手。我现在建了一个碳纳米管的模型有了pdb文件，想要生成psf文件，但找不到topology文件，你们知道应该去哪里获取topology文件吗？ 或者自己如何写？

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209楼2017-05-30 13:46:44
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布谷鸟94

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想问，在VMD中，可不可以对某些有相同特征的原子设置组，然后计算RDF，目前只会按照原子类型计算

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210楼2017-06-09 13:34:02
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