24小时热门版块排行榜    

查看: 11792  |  回复: 210

神秘星球

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
126楼: Originally posted by fantastic at 2010-03-07 10:34:14
不知道楼主有没有用NAMD的FEP或者TI计算过
我看了那个教程,还是不知道那个FEP文件怎么准备?按照教程上面说的做,但是用alchemify处理时,显示还是没有始态与终态?


另外一个问题,我用预编译的NAMD,想要在 ...

请问一下++local 是什么意思?
0010
201楼2014-04-21 14:29:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

神秘星球

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主是用charmrun exec $* $args 这是什么意思?我使用charmrun,然后显示cannot find namd2!
0010
202楼2014-04-21 15:37:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

站立的树

禁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

203楼2015-01-09 21:15:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红颜不美

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
WRITING COORDINATES TO DCD FILE AT STEP 9000
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
最近已为这个问题愁的睡不着觉了 求大神解答
计算模拟biubiu
204楼2015-01-20 10:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

信纸一张

铁虫 (初入文坛)

感谢分享,对我有用!
205楼2015-09-21 21:23:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haiyuntianya

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不知道现在回复还有回复没有,vmd新手,急求安装插件的方法,感觉vmd 1.9.2之后就变了是吗?我看过有一个插件是直接在extension preference里面修改,但有的又不行,帮帮忙啊,到底有没有通用的安装插件的方法呢!纠结了不知道多长时间了,到处问也没什么结果
206楼2015-11-29 23:23:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wx3266626

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请教下楼主,用VMD作径向分布函数时出现错误:there was an error running measure gofr,这是什么问题呢?VMD报错图片我已上传附件,还请楼主多多指教!
【在线答疑】关于NAMD/VMD
VMD错误.png

207楼2015-11-30 08:57:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

douwenhui

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主您好,我刚刚接触这两个软件的菜鸟,打算做蛋白质的模拟。可是老板让我先学着建立一些模型,之后再加其他条件,楼主能不能推荐一些建模的教程或者给点建议。
208楼2016-01-14 14:45:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵少荣很棒

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你们好,我是一个新手。我现在建了一个碳纳米管的模型有了pdb文件,想要生成psf文件,但找不到topology文件,你们知道应该去哪里获取topology文件吗? 或者自己如何写?

发自小木虫Android客户端
209楼2017-05-30 13:46:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

布谷鸟94

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
想问,在VMD中,可不可以对某些有相同特征的原子设置组,然后计算RDF,目前只会按照原子类型计算

发自小木虫Android客户端
210楼2017-06-09 13:34:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bay__gulf 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 085600材料与化工 326 求调剂 +5 热爱生活ing 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:39 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂 +14 王晓阳- 2026-03-09 19/950 2026-03-14 02:05 by JourneyLucky
[考研] 306求调剂 +4 唐薏薏 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:19 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 小木虫085600 2026-03-09 12/600 2026-03-14 01:11 by JourneyLucky
[考研] 材料工程专硕,一志愿中国矿业大学,总分314,求调剂 +5 无懈可击的巨人 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:37 by JourneyLucky
[考研] 材料工程,326分,求调剂 +6 KRSLSR 2026-03-10 6/300 2026-03-13 23:47 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 求调剂(材料与化工327) +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生,2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 0857 资源与环境 285分 +6 未名考生 2026-03-09 6/300 2026-03-11 21:08 by 30660438
[考研] 一志愿江南大学085701环境工程专硕总分287求调剂 +5 18266118446 2026-03-09 5/250 2026-03-11 16:51 by 2020015
[考研] 0703化学调剂 +3 三dd. 2026-03-10 3/150 2026-03-10 15:45 by peike
信息提示
请填处理意见