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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD
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aquariusy

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问一下，怎么查看蛋白质的静电荷是否为0？NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性？离子放入的位置怎么确定？
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181楼2011-01-29 13:16:19
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-05 20:51:32
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2011-01-29 13:16:19:
请问一下，怎么查看蛋白质的静电荷是否为0？NAMD模拟时怎么在体系中加入离子以使整个体系保持中性？离子放入的位置怎么确定？

请移步 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2479468
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182楼2011-01-29 18:27:14
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问怎样通过VMD得到某一截面的原子排列情况？怎么设置？如想观察位错情况。。。。。。
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183楼2011-06-07 22:21:33
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cat78323

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
請問Membrane protein tutorial中的buildpsf.tcl文件是如何產生的？？
【已解决，答案见185楼】

[ Last edited by cat78323 on 2011-7-18 at 22:38 ]
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184楼2011-07-18 16:33:46
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-07-18 19:30:47
引用回帖:
Originally posted by cat78323 at 2011-07-18 16:33:46:
請問Membrane protein tutorial中的buildpsf.tcl文件是如何產生的？？

就是psfgen 的操作流程，把它整成一个文件而已。
可以在UIUC网站下载 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/membrane/
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185楼2011-07-18 16:49:03
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cat78323

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
【回复185楼】
抱歉...我依舊不懂您的意思，我目前已經能夠產生membrane protein tutorial 的page 15下方這十個檔案segA.pdb, segB.pdb, segC.pdb, segD.pdb,
pot.pdb, filtwat.pdb, and crystwatA.pdb, crystwatB.pdb, crystwatC.pdb,
crystwatD.pdb，但是，仍舊無法產生buildpfs.tcl。
還有一個問題，在我產生那十個檔案的時候，那時候需要打開psfgen嗎?
【已解决，答案见185楼】

[ Last edited by cat78323 on 2011-7-18 at 22:38 ]
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186楼2011-07-18 22:26:52
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cat78323

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2011-07-18 16:49:03:
就是psfgen 的操作流程，把它整成一个文件而已。
可以在UIUC网站下载 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/membrane/

我看懂了!!我再試試看!!謝謝你
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187楼2011-07-18 22:37:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
Originally posted by cat78323 at 2011-07-18 22:26:52:
【回复185楼】
抱歉...我依舊不懂您的意思，我目前已經能夠產生membrane protein tutorial 的page 15下方這十個檔案segA.pdb, segB.pdb, segC.pdb, segD.pdb,
pot.pdb, filtwat.pdb, and crystwatA.pdb, crystw ...

没有看那个tutorial的pdf，主管臆断了，说的也不明不白。
这里说清楚一下
其实那个脚本的内容在pdf文件中是列出来的，把它复制下来制作成一个文件即可
但如果抱着学习NAMD的态度，强烈建议自己打一遍，然后弄清楚每一行的意义
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188楼2011-07-19 11:10:46
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wenlan2011

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
当原子数较大时，在VMD中看轨迹文件dcd时出现load几千针后异常关闭，是怎么回事？:tuzi27
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189楼2012-04-18 15:03:40
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-18 19:57:05
引用回帖:
17614743楼: Originally posted by wenlan2011 at 2012-04-18 15:03:40:
当原子数较大时，在VMD中看轨迹文件dcd时出现load几千针后异常关闭，是怎么回事？:tuzi27

内存不够了
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190楼2012-04-18 15:32:50
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